写在前面：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域...
IP属地：云南
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multiple whole genome alignment -
用TBtools，快速高效实现基因组共线性分析与可视化， 赞！写在前面 对于没有做过共线性分析的小伙伴，可以通过以下几段内容，了解一下，我为什么要费劲巴拉画出这样一张图。 除了基因组成的相似性,在不同基因组中基因排列顺序的一致性更能够体...
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基因组共线性工具MCScanX使用说明MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
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其实MCScan画图也可以很好看最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来 github地址 https://github.com/tanghaibao...
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circos 可视化手册-links 篇
highlights用于展示基因组上特定的区域的分布，通常情况下，还需要展示不同区域之间的关联，比如融合基因，CNV等信息，这样的信息就通过links 这个block 进行展...
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circos 学习手册（二十七）
技巧（二） 6. 复杂直方图 6.1 直方图填充 可以使用如下规则，基于直方图的 bin 值更改其填充色 6.2 分层背景色和宏 在这个例子中，我们为具有六个颜色层的直方图创...
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生信 | Circos实战写在前面 由于circos官网的教程太全面了，虽然好但反而感觉比较复杂，难易上手，因此我将他们精简了一下。由于官网的教程中包含的数据太杂了，所以我精简了数据与代码放到了扣扣群...
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【叶绿体基因组】注释校正与tbl文件的生成叶绿体基因组注释是非常重要的一步，注释的合理与否直接影响后续分析的正确性，例如密码子偏好性分析、选择压力分析等等。 STEP 1 获取初始的GB注释文件 使用GeSeq进行注...
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MUMmer两个基因组共线性比对
官方使用参考：http://mummer.sourceforge.net/manual[http://mummer.sourceforge.net/manual]中文原理解释...
