在进行组装和比对过程中，要将测序ID替换成物种学名，一个一个替换太慢了，发现seqkit有这个功能。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
IP属地：云南
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使用seqkit批量替换序列ID
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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细胞器基因组的在线基因注释网站在组装完成细胞器基因组之后，需要对基因进行注释。 推荐的网站有： Geseq：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.html 可...
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趣事 | 基因结构注释人工矫正软件-Apollo的开发历史写在前面 这大半个月我都在医院待着，确实无法做太多事情，于是选择看一些文献。选择的是目前开发最完善，且可以说是在IGV-GSAme【之前我改造的IGV版本】出现之前的唯一一款...
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一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
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叶绿体基因组注释软件PGA-Plastid Genome Annotator叶绿体是绿色植物细胞中进行光合作用的细胞器，是世界上成本最低、创造物质财富最多的生物工厂。叶绿体基因组主要编码与光合作用密切相关的蛋白质，作为细胞内半自主性的细胞器，...
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samtools的安装和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进...
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二代测序通过bam文件统计深度和覆盖度2024年3月1日更新 推荐直接用最近的新软件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth]，C语言写的，速度很快。 以下为旧...
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
