公众号 生信小课堂
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Python Logging 日志输出到文件
背景 了解如何使用 python logging, 输出日志到文件中. 并初步结合 flask 框架以及多模块的环境配置, 尚不太成熟, 待改进 至于为什么要用 loggin...
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biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作2017/11/9 第一版： 生物数据库，基本数据类型（genbank， fasta/fastq），数据上传站点2017/11/12 第二版：如何利用esearch, ef...
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LiftOver: hg19和hg38 位置转换UCSC 数据库提供了hg19和hg38位置转换工具---LiftOver 网页版：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver[ht...
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Python办公自动化｜批量处理文件
Python办公自动化｜批量处理文件，一学就会 转自早起Python 要说在工作中最让人头疼的就是用同样的方式处理一堆文件夹中文件，这并不难，但就是繁。所以在遇到机械式的操作...
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使用snpEff对VCF进行注释
使用snpEff分为两种情况，一种是snpEff已经构建了相应的数据集（例如人类和小鼠），另一种是则是snpEff未提供相应的数据集（例如自己组装的基因组） 情况1: 我们可...
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R四大高效编程神器——apply家族
本节提要：apply()函数sapply()函数lapply()函数tapply()函数 熟悉R编程的人都知道R语言的apply家族，而R语言入门容易，简单学一学就能写出一些...
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gatk4 mutect2 分析somatic突变第一步：创建normal样品的PoN（Create a sites-only PoN with CreateSomaticPanelOfNormals） To create ...
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GATK4 Mutect2 call Short Variant
GATK4 Mutect2 call Short Variant 先来看一下GATK 官网对Short Variant的定义： Short variants include ...
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第4节 构建WGS主流程这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
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fastp全新的数据质控软件各位做生信的小伙伴都知道，对于下机的FASTQ数据需要进行质控和预处理，以保证下游分析输入的数据都是干净可靠的。通常我们都是使用FASTQC等软件进行质控，使用cutadap...
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第2节 FASTA和FASTQ在WGS数据的分析过程中，我们会接触到许多生物信息学/基因组学领域所特有的数据文件和它们特殊的格式，在这一节中将要介绍的FASTA和FASTQ便是其中之一二。这是我们存储核苷...
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从零开始完整学习全基因组测序（WGS）数据分析：第1节 DNA测序技术前言 基因测序已是时下热门，目前除了华大基因之外，其他分布于全中国的大型测序平台（HiSeq X 10）还有约10个，每个每年大概能完成1.8万人的高深度全基因组测序，加起来...
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人丑就要多读书呀
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转录组学习三（数据质控）
转录组学习一（软件安装） 转录组学习二（数据下载） 转录组学习三（数据质控） 转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究） 转录组学习五（reads的比对与samtoo...
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ubuntu 安装SRAtoolkit、FastQC、HISAT2、Stringtie、Trimmomatic
下载最新版SRAtoolkit： https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 下载安装Fa...
