从MSigDB获取指定的基因集 并用GSVA包包装成一个GeneSet
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Python安装pyradiomics报错报错无法构建SimpleITK包 处理办法比较简单，安装一个较低版本的SimpleITK即可，实测1.2.4可用。 该报错处理过程来自CSDN博主@荷花姨[https://b...
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【影像组学从0单排】如何处理shape长度大于3的图像处理大量医学影像的时候，可能会夹杂一些非CT或者MRI的影像，从而导致批量的循环报错，比如在一堆CT中掺杂了一个重建图像： 通过读取文件的header可以看到nii的shap...
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哪一步出的错？哪个函数？
R语言ESTIMATE包报错
在运行ESTIMATE包的时候，需要先把表达矩阵输出成txt，然后运行filterCommonGenes函数，转换成gct文件，在转换这一步总是报错，错误提示是： 排除了变量...
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转录组测序分析-上游分析一、认识转录组 RNA作为基因组和蛋白质组之间的链接部分，是分子生物学中独特的核心活动。转录组测序是分析某一组织中的全部RNA的表达量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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python安装导入openslide报错做病理组学研究，需要安装和导入openslide包，但是这个包比较特殊，安装起来比较麻烦。记录如下。 安装 最开始通过conda安装，换了几个channel都没有找到，最后只...
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扫描服务器上未占用的端口并用于python
扫描端口 下载好Xshell后，再下载安装一个nmap插件。下载地址： 安装完成后，打开shell，不用登录服务器，直接在本地运行命令 -p 参数在nmap里意思是扫描指定的...
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在服务器上新建python环境并使用jupyterlab
连接服务器 通过xshell连接到服务器。 配置环境并安装依赖 在xshell中新建一个环境 创建完环境后，需要执行conda init命令来初始化shell，随后注销并重新...
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@凡夫俗子张之维 你要不就在重采样的image上勾画，要不就勾画完之后把mask和image再配准一下
pyradiomics报错“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一个新报错，记录一下还是在提取特征的时候，弹出了报错： 关键的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
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@凡夫俗子张之维 你这个好像是mask和image没配准？
pyradiomics报错“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一个新报错，记录一下还是在提取特征的时候，弹出了报错： 关键的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
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@zzg_60df 我也是校园网，但是没挂梯子，如果是这样的话，会不会是包的原因？您这个curl包的版本号是多少？要不要考虑把这个包卸了重新装一下？如果还是解决不了，并且您不嫌麻烦的话，不妨试一下把R、Rstudio和Rtools全都卸掉重新装一遍，之前我KEGG报错一直解决不了，重新卸了所有依赖包，清空了所有缓存，从头开始装，最后搞定了，我水平有限只能想到这个笨办法了哈哈
R语言biomart包获取小鼠的基因长度
接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目...
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@zzg_60df 我今天试了一下，没有遇到您这个报错，不过我的host是ensemble.org，具体代码如下：
bmart <- useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
dataset = "hsapiens_gene_ensembl",
host = "www.ensembl.org")
您能用浏览器打开ensemble.org么？是校园网么？R语言biomart包获取小鼠的基因长度
接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目...
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是哪一步报错的呢？好奇怪啊这个报错
R语言biomart包获取小鼠的基因长度
接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目...
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R语言biomart包获取小鼠的基因长度
接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目...
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R语言读入表格报错
师姐发我新的转录组数据让我处理，是一个103M的txt文件，我的小电脑跑得慢，就尝试直接用R读进来试一下。 但是出现了如下的报错： 我一开始没注意看报错，以为是因为有空值的原...
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生存分析（2）之前写过生存分析的数学相关基础知识，这次直接使用R语言进行生存分析的实战演练。 1. 生存分析 导入示例需要的数据 看一看这个数据里面都有什么 有这几项数据 这几项数据的含义...
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@cbndufbreijgn 哈哈能帮上忙就最好！
R语言ESTIMATE包报错
在运行ESTIMATE包的时候，需要先把表达矩阵输出成txt，然后运行filterCommonGenes函数，转换成gct文件，在转换这一步总是报错，错误提示是： 排除了变量...
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pyradiomics报错“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一个新报错，记录一下还是在提取特征的时候，弹出了报错： 关键的字段是“Inputs do not occupy the same physic...