1.利用箱线图比较两类样本的某个细胞比例差异 比较直观，但是缺点在于如果单细胞样本个数过少且异质性大，导致很难有统计学显著意义 2.R o/e 比值 好多文章都有用这个，我的...
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单细胞细胞比例分析方法列举 -
homer -- 通过差异基因寻找转录因子
看我写的教程不如看官网(\滑稽）：http://homer.ucsd.edu/homer/[http://homer.ucsd.edu/homer/] 1. Installa...
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IF=10.7，公共数据生信分析结合实验探索衰老相关基因在肝癌中的作用大家好，今天给大家介绍一篇最近发表在Journal of Advanced Research （中科院一区，影响因子10.7）上的公共数据生信分析结合实验验证的文章，标题为“...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断第八节：拟时序细胞轨迹推断 在本节教程中，我们将学习如何通过拟时序分析推断细胞分化轨迹。slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它...
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CUT&Tag的分析——demo重复其他拓展阅读 https://www.jianshu.com/p/27e91c8dac2f[https://www.jianshu.com/p/27e91c8dac2f] #...
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linux下安装blast并创建nt数据库
BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignmen...
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@Lucas21423 最新的版本不需要这个步骤了，"This version put back all filtered cells and label them as "not defined" cells."
用copyKAT推断肿瘤细胞CNV及解决细胞过滤问题
本文共分3部分。 首先介绍一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一个关于细胞过滤的问题。最后提出一个解决问题的方法供参考。 1.copyKAT及使用简介 copyKAT是...
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从git里面下载code，在R里面找到源码修改之后，手动安装R包
用copyKAT推断肿瘤细胞CNV及解决细胞过滤问题
本文共分3部分。 首先介绍一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一个关于细胞过滤的问题。最后提出一个解决问题的方法供参考。 1.copyKAT及使用简介 copyKAT是...
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"另外fragmentSize参数必须是缺省值"
是不是有点问题？如果是ATAC-seq应该把summits参数设置成0如何提取ATAC-seq数据的差异peaks?（DiffBind包的使用）
2021年开年第一篇笔记~ 这篇笔记主要记录DiffBind包的学习。在很久以前我写过一篇ATAC-seq分析流程（ATAC-seq分析练习[https://www.jian...
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生信 | IGV Web快速搭建（无需root，无需更改配置文件）最近需要将ATAC-Seq生成的bw导入IGV查看peak的分布情况，但是一个个的将bw文件从服务器上下载到本地再传到IGV里面太麻烦了，偶然间就看到了IGV官网上有一个叫做...
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都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件[https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c]， 详细介绍了fastq-dump的用法...
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estimate 算法计算肿瘤纯度
0.肿瘤纯度[http://222.70.95.243:6893/files/ESTIMATE%E5%88%86%E6%95%B0/estimate.html#%E8%82%...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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Autodock vina批量分子对接（虚拟筛选）
资料来源 首选看这个，可以跟着手操一波小分子的下载和软件的使用（主要录制的比较好）【虚拟筛选】使用Autodock_vina进行批量分子对接_哔哩哔哩_bilibili[ht...
