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简单的转录组差异基因表达分析 -- DESeq2经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我们就通过一个小规模的转录组测序数据来演示DESeq2的简单流程。 文中使用...
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DESeq2分析转录组数据（一）：构建DESeq数据集初学RNA-seq，用于有参原核转录组的分析，主要参照DESeq2说明书：(Analyzing RNA-seq data with DESeq2)和(RNA-seq work...
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scRNA-Seq | Seurat 包原理解析seurat 涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿，也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子，来梳理一下。 一、读入数据。 Read10X(...
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Seurat重要命令汇总
参考：https://satijalab.org/seurat/articles/essential_commands.html[https://satijalab.org/...
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单细胞测序-EWCE包本文主要目的是确定筛选的差异基因主要富集在哪些细胞中，可查看官方protocol https://github.com/NathanSkene/EWCE 首先，确定ctd数据...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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R包DropletUtils使用bioconductor-DropletUtils使用教程：Utilities for handling droplet-based single-cell RNA-seq ...
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2020-07-07 单细胞数据.h5文件转换成seurat对象
第一步：从GEO数据库下载.h5文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM3892578 第二步:Rs...
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FindClusters选择多少resolution合适？日常瞎掰 昨天看到一个关于女孩找对象方面的笑话，大概内容是这样的：一个女孩天天为应该找一个什么样的男朋友而纠结，于是这个女孩便向大师寻求帮助。 “大师，我应该找一个什么...
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单细胞转录组流程二：超详细！ Seurat打通单细胞常规流程
Seurat standard pipeline(10核心流程) 创建Seurat对象 Read10X CreateSeuratObjecet 质控 Perc...
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FindNeighbors {Seurat}参考：R documentSeurat识别细胞类群的原理FindNeighbors和FindClusters[https://www.jianshu.com/p/ad6e61...
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10x Genomics RNA-seq 原理详解近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的...
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欢迎大家来到我们的生信星球第七十六期训练营～“公众号：生信星球” 在这里，希望你能收获知识和快乐，结识一帮志同道合的小伙伴 豆豆和花花也会尽力帮助大家
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2021-07-24 03 结构化语句•条件语句if•循环语句for 和while•参数扩展 if条件语句的常见格式： if条件语句的常见条件： 数值判断、字符串判断、文件判断 数值判断（用得多）： 常用场景：判...
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2021-07-24 04 Shell 脚本编程From 生信技能树-视频回放：Linux-conda的安装及使用2-课件：-总课时长：2小时28分13秒 1小时10分开始~-主讲人：卖萌哥•Shell 脚本•任务提交 S...
