分子对接分析是基于受体与配体在氢键、疏水键、空间结构等相互作用规律的基础上，预测分子间亲和力及结合模式，实现基于分子结构的药物设计和筛选的一种重要方法。下面详细介绍一个实例：...
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利用神经网络模型进行分类研究机器学习的本质就是借助数学模型理解数据。神经网络（ANN，又称为多层感知器MLP）算法可以用于有监督学习——分类和回归。理论上，多层神经网络可以模拟任何复杂的函数。下面介绍神...
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利用python的skimage包批量处理图像当需要对图片进行处理时，除了PS外，还可以考虑用python。尤其是大批量处理图片时，python的优势就体现出来了。此次介绍skimage包的基本用法。 1.网上下载的一张...
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转录组分析实战第七节：采用Trinotate对拼接结果进行注释
既然可以通过Trinity对所有的Reads进行拼接后得到很多的转录本（Transcripts) , 因此很有必要对这些转录本进行注释。 注释的工具有很多，我们可以通过Tri...
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作背靠背条形图（back-to-back barplot）展示二分类变量时，可以考虑作背靠背条形图（back-to-back barplot）来展示，会显得更加直观。下面介绍一个实例。 1.原始数据文件 内容如下： 2.R代码 a....
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分析时间序列数据（三）当重复测量时间序列数据不满足来自正态分布总体或者协方差不符合球形性时，不能进行重复测量方差分析。另外，当结局变量属于分类变量或等级变量时，也不能进行重复测量方差分析。此时，可...
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分析时间序列数据（二）当时间序列数据的类型是经过不同处理后得到多组观测值，每一个观测值为同一观察对象的同一观察指标在不同的时间点上进行多次测量所得到的的数据值，然后需要分析观察指标在不同时间上的变...
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分析时间序列数据（一）时间序列数据是一种常见的数据类型。当需要判断某一种率（如发病率、患病率、死亡率等）随时间的变化趋势如何时，我们可以用joinpoint软件进行。下面介绍一个实例。 1.下载并...
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ComplexHeatmap绘制复杂热图——多个热图和多条注释的合并展示当需要展示多个数据集之间的关联并揭示可能存在的潜在模式时，ComplexHeatmap包就有了用武之地。下面提供一个实例。 1. 文件准备。 需要4个文件。包括两个heat...
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爬虫抓取OncoKB数据库中肿瘤基因靶向药物信息通过驱动浏览器爬取OncoKB数据库中"基因——肿瘤——靶向药物"等信息。 1. 安装Chrome浏览器，下载并配置ChromeDriver，将其加入到环境变量中。 下图方框...
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利用circos标记差异基因在染色体上的位置，利用颜色区分基因类型circos是一款强大的可视化软件，下面介绍一下如何将基因在染色体上标注出来。 1.生成测试数据，gene.txt文件。R代码如下： gene.txt文件内容如下： 2.配置...
