吾为镜，汝乐，吾笑，汝悲，吾泣，汝言说，吾聆听，汝归去，吾忘记。
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
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序列比对软件 MUMmer 高级使用（二）
快速上手的话见上一篇，这篇详细介绍一下 MUMmer 4 软件下 nucmer 程序的详细参数。 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jian...
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很多帖子被下架了。以后开直播带货吧。写不动技术贴了。
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选择清除分析软件XP-CLR的安装折腾之路1. 原版 安装比较简单。 直接运行bin下的XPCLR即可，若不能运行，则编译下： 原版分析时准备文件过程较为繁琐，因此更建议使用Python版。 2. Python版本 ...
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自然杂交研究中有关漸渗和基因流的软件2021-08-05
(1)Migrate-n （2)BayesASS3 (3)NewHybrids (4)parallelnewhybrid (5)introgress (6)ABBA-BABA...
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使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
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10.GWAS：LD decay(LD衰减）—— PopLDdecay关于连锁不平衡的详细介绍在之前的帖子里有说过，这里就不再赘述，本篇主要介绍LD decay的计算。1.GWAS：原理与目的 - 简书 (jianshu.com)[https:...
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TRF (Tandem Repeat Finder) 搜寻串联重复序列官网：http://tandem.bu.edu/trf/trf.html[http://tandem.bu.edu/trf/trf.html] 一、安装 conda一键安装 ...
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利用氨基酸计算mcmc分化时间1. 多序列比对文件转phylip 树文件，在orthofinder下面由物种树直接拷贝，删除枝长。 3.修改ctl文件 4. 运行第一次mcmc，生成out.BV，利用co...
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插件 | 基于序列的 T2T 基因组的着丝粒区域自动判断写在前面 Emmm，基因组组装质量的评估标准有很多，伴随着测序技术的飞速发展，尤其是 pacbio hifi 和 nanopore，现在越来越多基因组可以组装到 T2T 水平...
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R语言三种方法绘制饼图R语言中绘制饼图，有基础绘图包的pie()函数，但是做出来的图不够美观。ggplot2及其拓展包做出来的图美观。下面提供三种以ggplot2及其拓展包绘制饼图的方法。 以mt...
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bcftools：根据染色体提取vcf中的信息
根据染色体提取vcf中的信息： bcftools view -r chr20,chr21,chr22 NA12878.vcf.gz -o NA12878.vcf.chr20_...
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GWAS | 2.群体结构 structure严格意义上说遗传进化中的群体结构应该包括PCA、群体进化树和群体STRUCRURE，传统的PCA和群体进化树只能直观的了解群体中个体的分类关系，但无法解释群体间具体的分群数目...
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使用RGAugury鉴定基因组中的抗性基因RGAugury：用于全基因组预测植物抗性基因类似物 (RGA) 的管道论文地址：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles...
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国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA前言 在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国...
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GAPIT结果运算和汇总
我们GWAS常用的软件GAPIT很方便，但是如果表型数据多，将最后的数据进行汇总和处理将也是一件很麻烦的事情。这里，我尝试编写了一个小脚本，可以在GAPIT成功运行之后，将所...
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用ANNOVAR自建数据库注释基因组
annovar简介 在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在call snp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库...
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基因组文章 | 木薯《Mol Plant》/《Genome Biol》2021
2021年4月，中国热带农业科学院李开绵研究员团队牵头完成了高质量单倍型木薯基因组，相关研究成果“Allele-defined Genome Reveals Bialleli...
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「基因组」着丝粒和端粒鉴定软件
最近状态不佳，连续两件事情做的时候只想到了一半，做了又等于没做，都成了自己预想的最差的结果，要想做到最佳，只有重做，现在浪费时间结果不合适等于白做。一心多用，今天白搞一下午，...
