@严思远 非常感谢你的支持，那篇文章没删，只是被简书锁定了，说我文章里包含链接。我已经把链接删除了，希望文章可以早日解封。很高兴能帮助到你，一起加油！
暂别简书，后会有期我不是老师，也不是大神，更不是前辈。我只是个普通的科研工作者，一个只想努力变得更好的人。 来到简书快3年了，期间写了不少的笔记。很多的笔记是在疫情严重时wfh的时候写的。至今...
发简信
IP属地：纽约州
-
暂别简书，后会有期
我不是老师，也不是大神，更不是前辈。我只是个普通的科研工作者，一个只想努力变得更好的人。 来到简书快3年了，期间写了不少的笔记。很多的笔记是在疫情严重时wfh的时候写的。至今...
-
@MonicaYang 在我文章开头：本篇代码参考出处里，具体哪篇文章记不住了
WGCNA学习笔记
本篇代码参考文章:1.生信菜鸟团：一文学会WGCNA分析2.WGCNA（加权基因共表达网络分析）3.WGCNA分析，简单全面的最新教程4.WGCNA实战练习5.STEP6:W...
-
你可以不加这个筛选标准，根据你的数据。我也只是按照其他教程加的筛选标准
WGCNA学习笔记
本篇代码参考文章:1.生信菜鸟团：一文学会WGCNA分析2.WGCNA（加权基因共表达网络分析）3.WGCNA分析，简单全面的最新教程4.WGCNA实战练习5.STEP6:W...
-
https://github.com/alexdobin/STAR/issues/164
比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
-
StatQuest-你想很轻松的理解Covariance和Correlation吗?(Part 2)上一个StatQuest视频讲解了covariance的相关知识，这一个视频解释了correlation的知识点。笔记是根据视频整理的，有些截图并没有根据视频里的顺序来放。依...
-
StatQuest-你想很轻松的理解Covariance和Correlation吗?(Part 1)很久没学习StatQuest了，于是闲暇时间又打开继续学习。对于Covariance和Correlation分成了两个视频，主讲人用了非常非常非常......简单的例子让你理...
-
洛克菲勒大学2021年生信课2：Introduction to R, session 2上一篇文章是R语言的入门。涉及了一些最最基础的知识，主要包括R里的几种数据类型。建议R语言零基础的同学把第一讲理解并掌握后，再进行这一讲的学习。这一部分主要涉及了R语言中的循...
-
洛克菲勒大学2021年生信课1：Introduction to R, session 1R语言零基础同学看过来了，Rockefeller University最新的生信公开课。因为这个系列的课有PPT，所以我直接把PPT贴上来了，就不自己逐字逐句的打了（我好懒）...
-
@牵着一只羊Amy 感谢指出错误，已经更正
增强子(enhancer)靶向表观基因组编辑技术enCRISPRa和enCRISPRi文献学习
文献题目：Interrogation of Enhancer Function by Enhancer-Targeting CRISPR Epigenetic Editing...
-
需要CUT&RUN实验的同学请注意：我的这篇笔记里提到的protocol在上周五更新了（https://www.epicypher.com/resources/protocols/cutana-cut-and-run-protocol/）。最新版的protocol里提到对于贴壁细胞，可以用低浓度胰酶进行最短时间消化。原文如下：
EpiCypher has compared different methods of collecting adherent cells for CUT&RUN, including cell scraping, trypsin, and accutase. We analyzed the impact of each method on the cell adsorption rate onto ConA beads, using MCF-7 cells. Based on these optimization experiments, we recommend a very mild trypsin treatment (0.05% trypsin at 37°C, minimal incubation time as optimized for cell type). This method detaches and monodisperses cells, resulting in >95% adsorption onto beads. The cells are collected and pelleted by centrifugation for ~3 min at 600 x g, RT. Proceed directly to the CUT&RUN wash steps. Trypsin is then washed away by subsequent washes that are a standard part of the CUT&RUN protocol.CUT&RUN实验原理和步骤
这篇笔记是记录CUT&RUN实验的具体步骤。因为下周就要做CUT&RUN了，首先就要先熟悉一下实验步骤。虽然有纸质版的protocol，但是老板推荐我去试剂盒官网看一下视频，...
-
如何查询NCBI里基因信息的所有历史版本最近更新频率很慢，因为我忙于课题，没有很多大块的时间进行学习。现在深刻的体会到实验室的氛围如果很好的话（这里的氛围指的是同学以及老板），做起实验来也是充满动力的，而且心情也会...
-
@Bioinfo鱼 官网上有写支持的物种有哪些
使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析
关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
-
@Norman_f578 取交集
如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM
如果你下载了TCGA数据库里的count数据，想把它转换成FPKM应该怎么做呢？参考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原创】R语言实战：read cou...
-
@Cooperstation 组蛋白修饰在不同类型细胞里的基因组分布是不同的。你需要自己做ChIP-seq或者CUT&RUN来鉴定
ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)
在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
-
自己用就行，如果要转载是必须说明一下的
关于简书笔记的一些想法
在简书上做笔记已经快两年了，在记录笔记的过程中自己学到了很多，同时也想把自己看到的知识分享给有同样需要的人。然而在这个过程中，也让我见识到了各式各样的人。有很多同学发简信和我...
-
关于简书笔记的一些想法在简书上做笔记已经快两年了，在记录笔记的过程中自己学到了很多，同时也想把自己看到的知识分享给有同样需要的人。然而在这个过程中，也让我见识到了各式各样的人。有很多同学发简信和我...
-
【Nature Review Cancer】癌症中染色质修饰的“language”这篇文献阅读笔记是一篇综述笔记，这篇综述于今年5月17日发表在Nature Review Cancer上，题目是“The language of chromatin modi...