本篇简单介绍3D基因组在近期主流的两个获得数据的手段：Hi-C及ATAC-seq。 首先需要理清几个概念： 1. 染色体疆域（Territory）：指每条染色体都占据着一个独...
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#3D基因组 #表观遗传 -
真核原核生物常用的启动子分类
写在前面最近踩了一个启动子的大坑，一气之下就把常规的所有启动子都做了个总结，希望自己往后不会犯这种错误，并且对其他同学也有个提示和科普作用。另外的这次经验教训也让我学到，盲目...
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什么样的组织适合做空间转录组？空间转录组学技术在复杂的生理、病理条件（直接切片还是有设计地切片？）下研究不同位置区域细胞的异质性，特别是针对肿瘤和干细胞生物学，发掘具有独特分子特征的细胞群落，研究其对信号...
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《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》单细胞流程这篇文献是今年12月份发的，也就是一个星期前，是刘小乐教授推荐阅读的 推特地址： 本篇文章讲解了单细胞RNA-seq的一般分析流程，当然文中还推荐了分析的课程：单细胞课程[h...
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单细胞分析文献分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》[https://www.nature.com/articles/...
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网页数据抓取工具，webscraper 最简单的数据抓取教程，人人都用得上Web Scraper 是一款免费的，适用于普通用户（不需要专业 IT 技术的）的爬虫工具，可以方便的通过鼠标和简单配置获取你所想要数据。例如知乎回答列表、微博热门、微博评论...
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cellranger实战2：非正常数据之仅有bam文件我所理解的cellranger软件理想原始输入数据就是SRA格式，然后利用sra-tools分为read、barcode+UMI、index三个fastq.gz文件。最后直接...
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一种实用的研究分子间体内互作实验方法-ChIRP
CHIRP(ChromatinIsolation by RNAPurification)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法，可同时分析lncRNA/circR...
