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您好，我在构建的时候报错：
Error in .TwoBits_export(mapply(.DNAString_to_twoBit, object, seqnames), :
UCSC library operation failed
In addition: Warning message:
In .TwoBits_export(mapply(.DNAString_to_twoBit, object, seqnames), :
mustOpen: Can't open ./BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR10/inst/extdata/single_sequences.2bit to write: No such file or directory

请问您是否遇到过这种问题？是否知道怎么解决？谢谢

BSgenome 构建自己的参考基因组

1. 目的   最近在某个分析的时候，需要BSgenome object，然而我的物种不是常见的物种，是自己组装出来的多倍体物种，因此没法用已有的BSgenome参考基因组，...

尧小飞

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您好，我在构建的时候报错：
Error in .TwoBits_export(mapply(.DNAString_to_twoBit, object, seqnames), :
UCSC library operation failed
In addition: Warning message:
In .TwoBits_export(mapply(.DNAString_to_twoBit, object, seqnames), :
mustOpen: Can't open ./BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR10/inst/extdata/single_sequences.2bit to write: No such file or directory

请问您知道怎么解决吗？找了好多方法都不行😭

BSgenome构建新的参考基因组

目标 BSgeome自己有很多构建好的基因组，但是对于非模物种来说，有时候我们需要自己构建基因组的信息。如何根据物种的参考基因组fa文件，构建新的BSgeome的R包，供后续...

果蝇的小翅膀

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请问，gce能够做三代数据的genome survey吗

生信 | 基因组组装实战（三）：Kmer评估基因组

写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Kmer定义 杂合Kmer...

生信卷王

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您好，请问您说的canu+wtdbg联合组装的文章在哪里呢？能借鉴一下吗，感谢

wtdbg 组装基因组

关键词：pacbio; nanopore; assemble wtdbg相较于其他三代四代数据组装软件（Canu，smartdenovo，miniasm，Flye，TULIP...

涤生生

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关键词：pacbio; nanopore; assemble wtdbg相较于其他三代四代数据组装软件（Canu，smartdenovo，miniasm，Flye，TULIP...

d2717f215542

您好，我想问一下，用hic-pro+homer的方法去鉴定loop也是一样的流程吗
或者用homer鉴定loop的流程具体是什么呢
谢谢！

AB区室计算【juicer/homer】

Tips： 目前主流的计算AB区室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章实验室提供的工具,计算多个分辨率每个bin的PC1 值，但是...

caokai001

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转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列（...

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1、求绝对值 绝对值和复数的模 2、元素都为真 迭代器的初步理解:（1）迭代是访问集合元素的一种方式，而迭代器是一个可以记住遍历的位置的对象。（2）迭代器对象从集合第一个元素...

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创建复数

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请问具体怎么自行构建基因组注释呢，我看了并不是很明白

ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据

ngs.plot 主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。 #1. ngs.plot 优点 已整理的注释数据：17个物种(21套基因组)，涉及功能原件有： Gene，E...

JeremyL

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您好，我想问一下甲基化的数据类似的图应该怎么画啊，谢谢

ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数详解

必需参数 参数参数释义参数示例-G基因组名hg18,hg19,mm9,mm10; 详情参见： SupportedGenomes[https://github.com/she...

JeremyL

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请问，具体使用什么进行注释的呢，如果自己构建对象又应该怎么做呢？因为自己的物种USUC没有

methylkit差异甲基化分析

文件格式 可以是最基本的甲基化调用文件也可以是bismark下游的BAM/SAM文件。 在这里使用的是经过处理得到的文本文件。 典型的文件应该是这样的 导入文件 1.样本描述...

蓬举举

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