前段时间送去测序的实验数据拿回来了，然后做完比对之后发现unique_reads比对率不够理想，确保分析数据过程中没有出错的前提下，个人认为实验过程中可能有污染。所以需...
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从bam文件中提取未比对上的reads——so easy! -
遗传统计|BSA-seq混合分组鉴定功能基因分离体分组混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也称为集群分离分析法或混合分组分析法，是从近等基因系分析法演变而来的。常规的育种通常从近等基...
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ggplot2绘制环状条形图(进阶)本节继续介绍通过ggplot2来绘制环状条形图，重点使用annotate函数对数据进行注释 自定义颜色 构建数据 计算角度 构建分组线段 数据可视化
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DNA甲基化数据分析(二)DSS是一个R包，对基于计数的测序数据进行差异分析。 它可以检测来自RNA-seq的差异表达基因（DEG），以及来自亚硫酸氢盐测序（BS-seq）的差异甲基化位点或区域（DM...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？
需求 客户的一个简单需求： 我有一批功能基因位点，想从重测序的群体材料中找到这些位点，如何批量快速获得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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如何快速查找物种间对应的同源基因有时候，大家做实验以小鼠为模型，但希望查看与之对应的人同源基因。像这种情况，我们可以不需要进行序列比对来查找，因为比较麻烦。使用公共数据可能更高效。 1.基于NCBI Hom...
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关于GSEA富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟当只有自己发生状况时，归结给运气和自己太菜；当别人发生同样的状况时，归结给共同的客观原因，比如网速太慢、电脑太烂；当伟大的互联网告诉你有更多的人遭遇了同样的困惑，才终于投向科...
