一. 读取数据 因为我们一般自己录的数据都是excel表格的，对于读取excel，此处有一个小技巧 读取excel方法 1.把excel文件另存为CSV文件 2.按照读取cs...
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用R语言进行相关性分析：画出散点图、拟合线及标注相关系数和P值 -
refseqID转换为geneID（2018-06-05）
1 refseqID转换成geneID 下载gene2refseq.gz 2 提取相似物种的基因 gene2refseq.csv文件较大，有4G多，所以将blast比对过的物...
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R包SCENIC:结果可视化与分析
1.鉴定细胞状态 以t-SNE图呈现AUC评分和TF表达情况（即调控元件的活动度） 利用AUC 交互app（Scope） logMat <- exprMat # Better...
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2019-06-27 scenic: single-cell regulatory network inference and clustering
title：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering journal：Nature me...
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R包SCENIC：分析流程
GRN：基因调控网络 分为四步进行GRN分析 1.GENIE3/GRNBoost：基于共表达情况鉴定每个TF的潜在靶点; 过滤表达矩阵并运行R包GENIE3/GRNBoost...
