博文名称：RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文链接：https://towardsdatascience.com/rna-v...
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RNA速率：细胞内部的指南针 -
sctransform预处理后，如何进行差异表达分析一、seurat执行差异表达分析 根据单细胞数据预处理的方式不同（lognormalize和sctransform），执行差异表达分析代码有所不同，这个需要注意。我当时请教过...
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10X空间转录组的文献思路简单分析作者，追风少年i 七夕马上就要到了，古人描写七夕的诗句很多，不过小时候背的就记得一首 迢迢牵牛星，皎皎河汉女。纤纤擢素手，札札弄机杼。终日不成章，泣涕零如雨。河汉清且浅，相去...
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@八重_967e 配置好环境，应该是可以的吧，我只是刚好服务器是linux系统的
SCENIC安装踩坑教程
一、官方提供的安装方法 #详细的安装教程参考官网 https://github.com/aertslab/SCENIC 安装代码如下 在安装SCENIC之前，请按照以下代码安...
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【空间转录组】MIA分析之前讲过一篇空间转录组的文献，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空间转录组分析思路。 MIA分析可以用来评估空间上某个...
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富集分析的原理与实现
一般做完差异分析都会做这一步，目的是找到差异基因富集到的通路，进而与生物学意义联系起来。具体的统计方法很简单，这篇笔记里面的代码可以从零搭建一个富集分析工具。 后台回复202...
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单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)
细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息，这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合，传递信号来实现的。不同的分化、疾病过程，可能存在特异的细胞通讯关系，因此阐...
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R包绞尽脑汁安装失败解决新方案
该R包在cran中并未上传，而是选择托管在了github中 if 你拥有多台服务器 那么可通过以下方案解决R包安装失败的问题 在我租用服务器1中安装 安装成功后，将安装包下载...
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如何研究目标基因的上下游
这里就是为了记录一下实验涉及的思路 eg：我之前的研究中发现某基因的过表达可以促进肿瘤凋亡，如果我想研究它受到上游哪些基因的调控或者调控哪些下游基因，应该怎么做呢? 如果研究...
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SCENIC安装踩坑教程一、官方提供的安装方法 #详细的安装教程参考官网 https://github.com/aertslab/SCENIC 安装代码如下 在安装SCENIC之前，请按照以下代码安...
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inferCNV判断恶性上皮细胞
一、输入文件要求 运行infercnv之前，需要准备三个文件：1、单细胞表达矩阵文件；2、细胞类型注释文件；3、基因坐标文件。 inferCNV示例数据 oligodendr...
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R包inferCNV rjags安装
install.packages("rjags")Installing package into ‘/home/lfr/R/x86_64-pc-linux-gnu-libra...
