这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制 -
文献阅读 | MOCHI:识别基因调控网路中的互作模块原文链接:Tian D, Zhang R, Zhang Y, Zhu X, Ma J. MOCHI enables discovery of heterogeneous in...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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10X单细胞（10X空间转录组）整合分析批次处理之细节（harmony）
hello，下半年开始，我们也要开始新的工作了，今天我们需要解决的问题有两个。 （1）细胞亚群细分的时候仍然要分开样本去除批次效应？？？harmony （2）harmony算...
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【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step3【Juicer差异loop分析】HiCCUPSDiff HiCCUPS Diff 可以帮助你寻找差异loop注意:HiCCUPSDiff works by checking ...
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2020-10-24 RNAseq 从fq开始分析全流程分析流程 1.上传四个样本原始就文件到服务器 参考https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67[https://www.jianshu.com...
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[R]bioconductor之GenomicFeatures学习GenomicFeatures包主要提供了TxDb对象结构。基于此对象的操作，we can easily download the genomic locations of ...
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RNA-seq分析简洁版前面RNA-seq分析：从软件安装到富集分析部分已经把转录组全部流程走完了一遍，这次利用RNA-seq(2)-2:下载数据中下载的肝癌数据进行分析，不在赘述细节，所以有看细节...
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使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
