@Evil_Genius 👌懂了，十分感谢
10X单细胞数据整合分析Seurat之rpca（large data，细胞量超过20万）不知道大家在研究单细胞数据整合函数FindIntegrationAnchors[https://satijalab.org/seurat/reference/FindInte...
IP属地：江西
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@阿来呀 好的，感谢👌👍
单细胞不同组别进行差异基因分析
大家做单细胞项目的时候，会涉及到多个组别，在分群之后想进行不同组别的差异基因分析，来查看不同处理对试验有什么影响。但生信小白只会流程化的分析，在对两组之间的单细胞进行差异分析...
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@阿来呀 您好，假如我的分组中有5组，那应当如何做？
单细胞不同组别进行差异基因分析
大家做单细胞项目的时候，会涉及到多个组别，在分群之后想进行不同组别的差异基因分析，来查看不同处理对试验有什么影响。但生信小白只会流程化的分析，在对两组之间的单细胞进行差异分析...
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Seurat对象、SingleCellExperiment对象和scanpy对象的转化Seurat官网：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
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您好，我想问一下这里面这个reference中的c(1,2)是指什么意思？
10X单细胞数据整合分析Seurat之rpca（large data，细胞量超过20万）
不知道大家在研究单细胞数据整合函数FindIntegrationAnchors[https://satijalab.org/seurat/reference/FindInte...
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Provided graph.name not present in Seurat object
报错如下 1. 如果你是运行如下代码报的错。 则添加一行代码即可，如下 2. 如果不是，看下面 2.1问 Sorry for disturbance.My question ...
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R将列表（list）转换成数据框/矩阵
淡水鱼写于2020/2/15 将列表转换成矩阵，接着由矩阵转换成数据框。Eg.a,b,c,d,e均是R中的变量。 1-要掌握matrix()函数的用法，如果list_eg中每...
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您好，我想问一下，如果是需要生成小鼠的GCVA基因集，msigdbr（species = “Mus musculus”， category = “xxx”），category应该填啥呀？H好像是人类的hallmark...
单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA
单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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我也失败了
15.KEGG富集分析R语言代码及5种图的绘制
一、举例回顾 本节所使用GSE1009数据集，已经用limma包进行差异分析，现对DEGs做GO富集分析。 GSE1009数据集介绍： 样本量：共6个样本，其中后3个为糖尿病...
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> wt$spliced<-wt$spliced[,rownames(wang@meta.data)]
> wt$unspliced<-wt$unspliced[,rownames(wang@meta.data)]
> wt$ambiguous<-wt$ambiguous[,rownames(wang@meta.data)]
您好，我在这几条代码中遇到了问题：
Error in intI(i, n = d[1L], dn[[1L]], give.dn = FALSE) :
invalid character indexing
请问这是什么情况，我看到名字已经统一了RNA速率：使用Seurat的结果做RNA velocity
参考链接:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R[https://github.com/velocyto-team/veloc...
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单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵 笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：ht...
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object.markers <- FindMarkers(pbmc, ident.1 = "Memory CD4 T", ident.2 = "Naive CD4 T", group.by = "cell_type", logfc.threshold = 0, min.pct = 0, pseudocount.use= 0.01)
这条代码好像出现了报错
Error in WhichCells.Seurat(object = object, idents = ident.1) :
Cannot find the following identities in the object:'Memory CD4 T'
请问这是啥情况呢？😭单细胞亚群差异基因火山图
单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
