个人使用记录留存，与分享jupyter Lab和Notebook是一家，前者是后者的升级版，也能切换成后者 jupyter安装 通过conda安装，单独开一个环境，保持bas...
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jupyter的服务器安装与多conda环境使用 -
seurat-PrepSCTFindMarkers源码解析一、FindAllMarkers()函数报错 最近事情太多，好久没有写简书，断更很久，惭愧。前几天，将服务器的seurat包升级到4.1.0版本，在跑单细胞转录组流程的时候发...
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02Single-cell lineage tracing unveils a role for TCF15 in haematopoiesis单细胞谱系追踪揭示了TCF15在造血中的作用 发表期刊：Nature 发表日期：2020年7月 发表单位：哈佛大学医学院 文本目录: 1. 一些之前不知道的基础知识2. Ab...
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非Visium空间转录组数据Seurat分析流程本打工人跑过很多不同测序技术的空转数据，不同的测序技术平台提供的分析方式也各有千秋，不过本人习惯了使用seurat，以下是总结的可以把其他空转数据导入到seurat空转流程中...
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二代测序序列拼接：flash
转自：https://mp.weixin.qq.com/s/lgJDpwk0vYipARfTorfCkA[https://mp.weixin.qq.com/s/lgJDpwk...
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fastp和flash拼接双末端测序数据比较版本：0.20.1fastp之前的版本不支持拼接， 本次测试的数据为PE250，共85,109对reads。 主要参数说明： -m开启merge模式；-c 校准重叠区域内的碱...
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生物医学研究和临床应用中单细胞RNA-seq数据分析指南作者，Evil Genius 时光飞逝，且行且珍惜。 单细胞RNA测序(scRNA-seq)在生物医学研究中的应用，提高了对疾病发病机制的认识，并为新的诊断和治疗策略提供了有...
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可直接用的Seurat单细胞转录组整合（去批次）流程，最新版整理
以前跑过很多次的单细胞整合分析，很多时候都因为没有很好的总结就得重新写浪费时间现如今整理了一个到手就能直接用的脚本，根据Seurat官方最新流程总结 可直接调用的代码，需要修...
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