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PGDspider的使用1、该软件的使用需要在java环境内，下载java并安装 https://download.oracle.com/java/18/latest/jdk-18_windows-...
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您好，请问您是怎么下载的samtools和bcftools的exe文件？
PGDspider的使用
1、该软件的使用需要在java环境内，下载java并安装 https://download.oracle.com/java/18/latest/jdk-18_windows-...
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PGDspider的使用
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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Structrue分析
安装软件 admixtrue 文件 snp ##不能有multiallel bcftools view -M2 -v snps SNP.filtered.vcf > zy-b...
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群体遗传中基于SNP的PCA分析
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA 第一种方法 可以使用plink软件直接进行分析 plink --vcf all_genotypegvcf_filter_remo...
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snp数据PCA分析1.质控和LD过滤 1.1 质控:删除信息缺失严重的个体和位点 plink2 --vcf zy_bsz-bi.vcf --mind 0.10 --maf 0.05 --gen...
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SNP数据的AMOVA分析 和 Mantel分析一 AMOVA分析 1 将 VCF 转换为 arp 格式，定义population PGDspider软件 2 导入Alrequin 并定义group 3 starting ...
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Stairway-plot群体动态图
一 首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件：PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml2.运行命令 3.输出文...
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Fastsimcoal2 模拟群体案例假设我们想模拟经历了以下群体演化历史的群体样本： 我们在3popDNASFS.par文件中来描述这个群体演化历史的过程，这个演化过程是时间回溯的，从下往上依次来描述这个过程：...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
