最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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聊聊“基因组共线性” -
第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
由于基因表达调控机制的复杂性，多种组学数据的整合分析，从不同的层面探究生物问题越来越重要。从RNA-Seq层面，我们可以探究哪些基因具有显著差异，上调或下调；从ChIP-Se...
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ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）在实战之前，首先对CHIP-seq分析做一些了解，以下是从各个地方copy过来综合起来的，有些散乱，是我认为重要以及应该了解的知识点。chip-seq 实战就跟在转录组和外显...
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全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）
前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程开始，再去看原理。 为什么这么说呢，因为对于初学者来说，...
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玉米全基因关联分析 ( GWAS Analysis Pipeline )全基因组关联分析是基于数量性状连锁不平衡理论，通过表型与基因型关联分析获得影响表型性状的显著关联标记。 1. 软件 Tassel / Gaipt / FarmCPU / mr...
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常用GWAS统计方法和模型简介本文是百迈客GWAS生物信息培训课程学习笔记第二篇，第一篇请参考GWAS基本分析内容 这里首先介绍了GWAS分析中常用的统计学概念： 1. 假设检验 零假设(H0,null ...
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SNP功能注释网站合集这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚持看完 1、GWAS4D, 推荐指数：**** 网址：htt...
