摘要 RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展，RNA-seq的应...
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Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这
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单细胞转录组基因表达模式聚类-Mfuzz包 2022-12-06适用条件和背景 Mfuzz包最初是为了研究具有时间序列特征的转录组和蛋白组数据中基因或蛋白表达的时间趋势的一个工具包，能将具有相似表达模式的基因或蛋白进行软聚类，从而可以了解...
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三维基因组中的开放染色质互作网络（二）
文章来源：科研圈2018-05-12 北京大学生命科学学院贾璐萌，李亭亭（李程研究组） 上回说到Hi-C更适用于研究大尺Hi度上的染色质结构，而不适用于研究转录调控元件之间的...
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每日paper - 20211105 - 非编码区域对于维持染色质三维结构稳定的重要性
Noncoding loci without epigenomic signals can be essential for maintaining global chrom...
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GEO单细胞数据读取
1.有直接的标准10X数据（喜大普奔）解压缩后可以得到三个文件（barcodes.tsv/genes.tsv/matrix.mtx），文件名修改到一模一样例如：GSE1062...
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单细胞分析之发育轨迹分析（monocle2）
大家好，好久没有分享单细胞分析的流程啦，今天给大家分享一个单细胞中常见的分析--细胞发育轨迹分析。之前也给大家分享过RNA velocity，今天就给大家介绍另一个软件包（m...
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Metagenomics 宏基因组流程 学习笔记流程解析 本流程适用于二代测序Single End或Paired Enc数据。可单样本或多样本分析。 第一步：查看数据质量（Fastqc） 使用Fastqc数据质量网页报告，...
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单细胞-稀疏矩阵【转来转去】
IPF:GSE136831，这个数据跟我平时处理的单细胞数据格式不一样，查过问过请教过，原来是这里下载得到的是稀疏矩阵。 sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得...
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【R语言】clusterProfiler富集分析，物种注释数据库相信大家对Y叔的clusterprofiler这个R包并不陌生，一般做基因富集分析的时候都会用到这个R包。这个包非常实用，并且画出来的图也很不错。 其实小编前面已经花了不少篇...
