参考文章 六六这篇文章的作者看来是详细的观看了ChIPQC manual并且参考了已有文档进行了学习和实践。Manual见Manual。 讨论 问：为什么有了参考文章还要发文...
IP属地：福建
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高通量测序数据处理学习记录（七）：使用ChIPQC包检查ChIP-seq的质量
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ChromHMM——组蛋白修饰知多少
作者：Jenny审稿：童蒙编辑：amethyst ChromHMM是2012年由来自麻省理工学院布罗德研究所和美国马萨诸塞州剑桥市哈佛大学Jason Ernst和Manoli...
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【ChIP-seq 实战】七、可视化（IGV部分）这里是佳奥！ 获得了peaks之后我们导入IGV检查。 1 deeptools初探 bamCoverage的基本用法 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化...
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Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附带一个补充的bismark_methylation_extractor脚本，它对Bismark结果文件进行操作，并对每个C进...
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2022-09-04土鳖学习使用Mac电脑
最近很不幸，回了一趟家，陪伴了自己7-8年的windows电脑坏了，陪我完成了硕士毕业论文、博士毕业论文，十几篇SCI论文，5-6篇中文核心。。。；十分感谢这个老伙计！我对它...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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motif分析——从实战到原理（Homer篇）一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的...
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ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程放在最前面的参考链接：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 数据来源的文章： The landscape of accessible chromatin in m...
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生信 | 构建物种的OrgDb写在前面 本文主要参考生信小白2018[https://www.jianshu.com/p/bb4281e6604e]与多啦A梦的时光机[https://www.jiansh...
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MACS2 进行peak calling整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 MACS2 是一款常用的peak calling软件，可以鉴定ChIP-...
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用 spike-in DNA 计算 BS 处理的转化率
WGBS 实验 BS 处理 C->U(T) 转化效率不是 100% 的，转化失败的部分 C 会成为假阳性信号，所以 BS 转化率也是很重要的指标。计算转化率需要建库实验参入已...
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WGDI - 推断祖先核型0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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WGDI - 推断祖先核型
0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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日常搬砖
