前言 作者开发Scissor的目的是结合bulk-seq的数据，寻找与某一性状显著相关的单细胞亚群，然后从表型的角度解释这些细胞亚群的生物学意义。作者开发Scissor的动机...
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Scissor：联合表型数据，Bulk-seq和scRNA的分析软件 -
蛋白组DIA分析：Spectronaut软件使用指南官方文档： https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 准备 Spectronaut软件是蛋白组DIA...
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R可视化之ComplexHeatmap【二】：行（列）顺序、行（列）名特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 热图系列我们已经有： R可视化之ComplexHeatmap【一】...
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unable to find an inherited method for function ‘select’ for signature ‘"data.frame"’报错及处理办法
今天用select函数出现报错，一开始没注意报错信息，因为我选择的列名有些复杂，怕是哪里掉了个空格，就重新换了个方法选列名，还是出错。报错信息如下 简单说，就是不知道为a这个...
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差异表达3｜MaGeck
MaGeck MaGeck是对CRISPR screen结果进行筛选的软件，差异表达的对象是sgRNA，再对不同sgRNA的结果进行整合，得到差异基因。 1. median-...
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单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)
细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息，这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合，传递信号来实现的。不同的分化、疾病过程，可能存在特异的细胞通讯关系，因此阐...
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单基因泛癌表达箱线图和配对箱线图展示
单基因泛癌表达箱线图是泛癌分析文章必不可少的一个图，配对箱线图在很多文章中也有出现。本文讲解如何实现单个基因在泛癌表达箱线图和配对箱线图展示。先上效果图： 1. 单基因泛癌表...
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跟着Science学分析之单细胞组织偏好性分析（OR）
我们之前写过计算单细胞比例的很多帖子，目的就是看看对照组与实验组相比，是否有些细胞类型或者亚群数量发生了显著改变： 最近，看到之前张泽明教授团队发表在Science上的文章：...
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小鬼的m6A图文复现07-Peak结果以及分布特征图上一期提到使用exomePeak2进行m6A的Peak Calling，结果如下，每个样本一个结果： ├── ADDInfo│ ├── ADDInfo_GLM_allDe...
