1.利用箱线图比较两类样本的某个细胞比例差异 比较直观，但是缺点在于如果单细胞样本个数过少且异质性大，导致很难有统计学显著意义 2.R o/e 比值 好多文章都有用这个，我的...
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单细胞细胞比例分析方法列举 -
TEtranscripts：转座子元件差异表达转座子 转座子(transposable element)：或称跳跃基因，是一种可以改变其在基因组中位置的DNA序列，有时会产生或逆转突变，改变细胞的遗传特性和基因组大小...
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2023-11-17 STAR报错Segmentation fault
运行STAR比对的时候一直报错 是因为同时跑了多个fq文件，STAR每次只能跑一个fq，如果是单端就是in一个fq文件，如果是双端就是同一个fq的1和2。同时跑多个文件的时候...
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Seurat单细胞基因显著性检验函数及批量添加显著性这篇帖子的前身可以追溯到：玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid...
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scale函数对矩阵归一化是按行归一化，还是按列归一化？提出这个问题是在R package：circlize环状热图[https://www.jianshu.com/p/300e00fe61b6]需要对某个矩阵进行归一化处理，虽然...
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interproscan linux版本安装及使用
说明：InterPro[http://www.ebi.ac.uk/interpro/]是一个整合了各种蛋白及其功能的数据库，内含有蛋白质所属的家族及其所包含的结构域和位点。而...
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【单细胞转录组】人类B细胞亚群分析Marker基因汇总由于基因表达跟细胞表面蛋白的表达具有时间差，所以要根据经验具体情况具体分析，内容仅供参考 哺乳类动物B细胞的分化过程主要可分为前B细胞、不成熟B细胞、 成熟B细胞、活化B...
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2023-03-20-conda 报错CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'cond...
运行命令conda activate cellphonedb出现问题 问题： CommandNotFoundError: Your shell has not been pr...
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理解并操作BAM文件经过了第四节的长文，我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲，分别是：BAM和VCF文件。这篇我们先说B...
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2023-02-13—endnote插入中文数字国标首先安装好word，在安装好endnote（endnote是需要花钱的，所以记得自己的这个安装包别删）接下来从endnote官网下载国标的style 然后将这个框住的下载到自...
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@2d31656023f8 不好意思才看到消息，解决了嘛？
跑cellphonedb遇到的问题
在运行cellphonedb的时候遇到这句 报错具体原因是这个函数cluster_optimal是在igraph这个包里面要用到GLPK好像是这个，然后它自从igraph包1...
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2022-11-28_AS rmats2sashimiplot github install
rmats2sashimiplot的githubhttps://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot[https://github.com...
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2022-11-08_AS实践1 leafcutter-安装2-regtools install安装官网https://regtools.readthedocs.io/en/latest/#installation[https://regtools.readthedoc...
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2022-11-08_AS实践1 leafcutter-安装1
regtools install 清华镜像源怀疑有问题，所以重新加了豆瓣的镜像源，但是安装包还是不行先删除所有的镜像 添加镜像 显示源 显示目前的镜像 查看 还是没有安装成功...
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conda踩坑记录1.An unexpected error has occurred. Conda has prepared the above report.
想更新deeptools，但是发现无论如何都下载不了，并且有以下报错 按照conda install安装不了任何包，报一大段错误_E_vens怡宝-CSDN博客[https:...
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2022-10-24_物种之间ID转换表格下载ensembl链接：http://www.ensembl.org/biomart/martview/abc8d48c9acf49029579e6aa3d3030cf[http://www....
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作者你好，我在运行jucier的时候，报错GPUs are not installed so HiCCUPs cannot be run，然后才发现我的服务器有GPU，但是没有下载CUDA，所以我打算用CPU运行HICCUPS,我想知道这个参数--cpu是加在哪个命令的，我直接跑的juicer的脚本中没有这个参数，并且是juicer脚本报错HICCUPS，或者我可以怎么停止jucier自动运行HICCUPS呢，因为我也不需要loops的信息，我的jucier版本是2
Juicer:Hi-C数据处理分析（三）
从 .hic 文件提取数据 此功能由 Juicebox tools 的 dump 命令完成。https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/D...
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2022-09-30_juicer报错解决Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Unknown command: stat...报错 解决方式 看到一个博客的解决https://groups.google.com/g/3d-genomics/c/ngRL5BK9C7M[https://groups.g...