韩小早儿

写一个python程序，功能是将距离矩阵转化成热图可视化。输入文件为基因组差异的距离矩阵，格式为tab键分割的txt文件；矩阵第一行为基因组标签，第一列也为基因组标签；程序运...

韩小早儿

在基因组分析中，模式是一组基因位点，这些位点满足以下条件： 核心基因组（cg）MLST模式：这些位点存在于大多数菌株中，通常在模式创建时使用95%的菌株存在率作为阈值。假设在...

韩小早儿

Conda 安装 Python 速度慢的原因可能有以下几点： 1. 网络问题 镜像源：默认源可能在国外，国内访问较慢。可以更换为国内镜像源，如清华、中科大等。 网络波动：网络...

韩小早儿

定义 群体性不明原因疾病是指一定时间内（通常是指2周内），在某个相对集中的区域（如同一个医疗机构、自然村、社区、建筑工地、学校等集体单位）内同时或者相继出现3例及以上相同临床...

韩小早儿

接到一个非标准格式保存的fasta序列格式的文本，看起来像是直接从NCBI copy下来的。内含多条序列，后续需要对序列进行对位排列，而手工改不现实。有不想写perl脚本，故...

韩小早儿

问题1：使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling。发现结果中core.full.aln中，有开头100bp和结尾的100bp被标记为NN >JN5803...

韩小早儿

00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...

韩小早儿

处理序列时，有很多时候会调入换行符的坑！！！！！ 在Windows下的Editplus使用\r\n等查看换行符很诡异，有的时候会出现\n\r的情况，所以替换时有的时候替换不完...

韩小早儿

1. 反向引用： 举例 \1 匹配的第一个（.） \2 匹配的第二个（.）**这个正则表达式的意思是匹配y后面的两个任意字符，再将这两个字符倒过来，yabba就符合这个表达式...

韩小早儿

1. Shell 脚本中取两个数的百分比 2. perl 脚本中取两个数的百分比

韩小早儿

sort在文本排序方面很是强悍。但有时不是单列进行排序，需要按照不同的列进行排序。 1. sort -t $'\t' -k2nr file.csv 表示以Tab键分割的文件，...

韩小早儿

sed 的全称为 “Stream Editor” ，字符流编辑程序 1. sed -i '$s/$/\n/' homo1.fa $ 第一个$代表文本的最后一行；若第几行可明确...

韩小早儿

使用python 的pandas模块时总是报错 $ pip show pandasWARNING: Package(s) not found: pandas 尝试使用cond...

韩小早儿

用了类似构造泛基因组表格的方法 1 kraken2bracken分析 kraken2数据处理 bracken数据处理 sc_kraken_bracken.sh unclass...

韩小早儿

在Linux上执行命令有的时候需要放到后台运行，此文主要讲放入后台和查看后台任务的方法 一、放入后台命令 1. 命令 空格 & 直接将命令放入后台的方式。使用这种方法放入后台...

韩小早儿

罗列conda 常用命令： conda list 命令用于查看conda下已安装的包conda env list命令可以用来查看conda创建的所有虚拟环境conda upd...