韩小早儿

接到一个非标准格式保存的fasta序列格式的文本，看起来像是直接从NCBI copy下来的。内含多条序列，后续需要对序列进行对位排列，而手工改不现实。有不想写perl脚本，故...

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问题1：使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling。发现结果中core.full.aln中，有开头100bp和结尾的100bp被标记为NN >JN5803...

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00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...

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处理序列时，有很多时候会调入换行符的坑！！！！！ 在Windows下的Editplus使用\r\n等查看换行符很诡异，有的时候会出现\n\r的情况，所以替换时有的时候替换不完...

韩小早儿

1. 反向引用： 举例 \1 匹配的第一个（.） \2 匹配的第二个（.）**这个正则表达式的意思是匹配y后面的两个任意字符，再将这两个字符倒过来，yabba就符合这个表达式...

韩小早儿

1. Shell 脚本中取两个数的百分比 2. perl 脚本中取两个数的百分比

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sort在文本排序方面很是强悍。但有时不是单列进行排序，需要按照不同的列进行排序。 1. sort -t $'\t' -k2nr file.csv 表示以Tab键分割的文件，...

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sed 的全称为 “Stream Editor” ，字符流编辑程序 1. sed -i '$s/$/\n/' homo1.fa $ 第一个$代表文本的最后一行；若第几行可明确...

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使用python 的pandas模块时总是报错 $ pip show pandasWARNING: Package(s) not found: pandas 尝试使用cond...

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用了类似构造泛基因组表格的方法 1 kraken2bracken分析 kraken2数据处理 bracken数据处理 sc_kraken_bracken.sh unclass...

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在Linux上执行命令有的时候需要放到后台运行，此文主要讲放入后台和查看后台任务的方法 一、放入后台命令 1. 命令 空格 & 直接将命令放入后台的方式。使用这种方法放入后台...

韩小早儿

罗列conda 常用命令： conda list 命令用于查看conda下已安装的包conda env list命令可以用来查看conda创建的所有虚拟环境conda upd...

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服务器上有些软件是管理员使用root账户的权限安装的，普通用户也可以使用，有两种使用方式： 方式一：修改普通用户的.bashrc 将root的miniconda3的环境配置（...

韩小早儿

本来conda安装软件运行良好，接着安装blast，不知道哪个软件触发了什么，报错 Error while loading conda entry point: conda-...

韩小早儿

今天来聊聊特异度（specificity）与灵敏度（sensitivity），以及衍生出的阳性/阴性预测值（Positive and Negative Predictive ...

韩小早儿

yes是Linux系统中用来重复输出指定字符串的命令。如果没有指定字符串，它将不断输出默认的字符串y。用途有很多，我能用到的记录如下： 1. 输出默认的y 这个命令会不断输出...

韩小早儿

结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis，MTB)是引起结核病(tuberculosis,TB)的主要致病菌。随着艾滋病的流行和耐药菌株的不断增多，...

韩小早儿

SGE原理： 集群中的主机分2种：控制节点（master）和计算节点（slaves）。其中控制节点只在一台机器上部署，该控制节点也同时作为计算节点；其它主机全部是计算节点。计...