韩小早儿

接到一个非标准格式保存的fasta序列格式的文本，看起来像是直接从NCBI copy下来的。内含多条序列，后续需要对序列进行对位排列，而手工改不现实。有不想写perl脚本，故...

韩小早儿

问题1：使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling。发现结果中core.full.aln中，有开头100bp和结尾的100bp被标记为NN >JN5803...

fatlady

00 写在前面 测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要拿回raw data，同时弄清...

韩小早儿

处理序列时，有很多时候会调入换行符的坑！！！！！ 在Windows下的Editplus使用\r\n等查看换行符很诡异，有的时候会出现\n\r的情况，所以替换时有的时候替换不完...

韩小早儿

使用python 的pandas模块时总是报错 $ pip show pandasWARNING: Package(s) not found: pandas 尝试使用cond...

韩小早儿

sed 的全称为 “Stream Editor” ，字符流编辑程序 1. sed -i '$s/$/\n/' homo1.fa $ 第一个$代表文本的最后一行；若第几行可明确...

韩小早儿

sort在文本排序方面很是强悍。但有时不是单列进行排序，需要按照不同的列进行排序。 1. sort -t $'\t' -k2nr file.csv 表示以Tab键分割的文件，...

韩小早儿

1. Shell 脚本中取两个数的百分比 2. perl 脚本中取两个数的百分比

胡童远

用了类似构造泛基因组表格的方法 1 kraken2bracken分析 kraken2数据处理 bracken数据处理 sc_kraken_bracken.sh unclass...