一般找公司做的标准分析，会根据客户指定的要求，把基本的质控、比对、call SNP以及annovar注释等步骤做完，这些也比较流程化，难点是客户根据自己的项目需求做下游分析。...
发简信
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WES学习4：annovarToMaf以及maftools使用 -
WES学习2--数据质控选择1： 拿到测序下机数据，开始分析。首先创建目录 我是使用filezilla将公司给的原始数据上传到raw目录中。一共5个样品，其原始数据存在在以下5个目录中，结构如下： ...
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WES学习1--conda镜像设置
确认已经安装好了miniconda3,然后按照上述代码设置好使用清华的镜像（以后安装软件比较快速方便）。然后就可以按照流程创建环境和安装软件了 还可以批量安装（-y是为了省略...
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菜鸡
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连雨不知春去，一晴方觉夏深
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生信、AI、大数据、育种。MiyuanBiotech
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hg38参考基因组的选择和BWA index使用我有一些WGS和WES数据需要分析，看了很多博客和文章，对基本流程已经有了大概认识，但是实战的时候，却卡在的人的参考基因组的选择上。查阅了很多帖子和网站资料，最终还是决定记录...
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做一个自由而有用的灵魂<br>
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2021-01-05重测序数据call SNP 流程
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程[https://www.jianshu.com/p/938d362fc48d]如何利用重测...
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GATK-4.2.1.0的下载安装和conda的使用
1.下载最新安装包 2021.08.06对应的最新版本的是4.2.1.0，下载网址：https://github.com/broadinstitute/gatk/releas...
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GATK4流程学习之DNA-Seq variant calling(Germline：SNP+INDEL)GATK4流程学习之背景知识与前期准备 - 简书[https://www.jianshu.com/p/97e803755fa6]GATK4流程学习之DNA-Seq varia...
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努力努力再努力~<br>个人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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GEO数据挖掘-数据下载断断续续学习生物信息也有一段时间了，因为做实验的缘故没办法系统学习，只能看大家的帖子一点点补充。俗话说的好，好记性不如烂笔头，为方便记忆，我就将每天用到的生信知识记录下来，加...
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md5sum用法
MD5算法常被用来校验网络文件传输的完整性，防止文件被篡改或传输不完全。MD5全称是报文摘要算法（Message-Digest Algorithm 5),可对任意长度的信息逐...
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BWA下载安装1.下载BWA 2. 解压缩 -j：有bz2属性的-x：解压;-v：显示所有过程 3. 编译BWA 4. 添加到环境变量 在bashrc文件末尾追加export PATH=$...
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一只烟酒僧
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