使用软件SMRTlink 9转换。 PacBio官网下载SMRTlink 9， https://downloads.pacbcloud.com/public/software...
发简信
IP属地：广东
-
pacbio 的bam文件转成fasta文件
-
MEME Motif分析的并行运算
MEME 安装 我的一些基本环境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依赖 / MPICH安装 若需要并行计算的话，在安装MEME之前，需要...
-
「生信」共线性分析——MCScanX目录MCScanX下载及安装数据准备MCScanX运行及结果Ka & Ks 计算下游画图脚本最后 MCScanX有两个主要的功能, 一是, 方便使用者发现共线性(collin...
-
16s—β多样性分析（R画三维PCoA图）一、β多样性分析的概念 Beta多样性指的是样本间多样性。在肠道菌群分析中，Beta多样性是衡量个体间微生物组成相似性的一个指标。通过计算样本间距离可以获得β多样性计算矩阵，...
-
GO/KEGG富集分析及R包绘图（气泡图/条形图）导读 利用富集分析，我们可以把很多看着杂乱的差异基因总结出一个比较整体反应事件发生的概述性的句子。 例如：TP53信号通路和胃癌的发生有关。而不是说BAX、BID、ABL1、...
-
主成分分析（PCA）& 主坐标分析（PCoA）——R包绘图（2D/3D散点图）导读 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也称主分量分析或主成分回归分析法，是一种无监督的数据降维方法。PCA通过线性变换将原始...
-
群体遗传学统计指标——群体间分歧度检验（Fst）基本概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。用于衡量种群分化程度，取值从0到1，为0则认为两...
-
-
单体型网络的构建——Haplotype Network基本概念 单体型：又称单倍体型或单元型，是个体组织中，完全遗传自父母双方中某一亲本的一组等位基因。拥有特定SNP的个体常常在附近某一特定变异位点拥有特定等位基因，这种关系叫做...
