小雨_9026 ·

是公众号回格式，朋友们，这里回没有用

LexieKeepsCool 评论自Zotero引用文献GB7714-2005用于毕业论文的格式

小雨_9026

ncbi的BLAST比我想象中的要强大，用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我，想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。其实BLA...

小雨_9026

大佬您好，方便能看看您生成的raw.matrix的文件格式嘛？我用HiC-pro产出的raw.matrix用您写的脚本计算分辨率：

···
for f in *raw.matrix; do
# echo $f
high_bin=$(cat $f | awk '{x[$1] += $3}END{for (i in x){print i, x[i]}}' | sort -k 1,1n | awk '($2>1000){sum=sum+1}END{print sum}');
total_bin=$(cat ${f/raw.matrix/raw_abs.bed} | wc -l);
awk -v high_bin=$high_bin -v total_bin=$total_bin -v name=$f 'BEGIN{print name,high_bin/total_bin}' >> ./hic_res_suitable.txt ;
done
···

但是得出的结果很怪，越大的分辨率反而，>1000 contact 的 bin比例越少。

···
sample_1000000.matrix 0.819144
sample_100000.matrix 0.958256
sample_10000.matrix 0.905145
sample_15000.matrix 0.93689
sample_20000.matrix 0.951743
sample_250000.matrix 0.915968
sample_25000.matrix 0.960175
sample_30000.matrix 0.965011
sample_500000.matrix 0.869427
sample_50000.matrix 0.970463
···

【HiC】数据如何选择合适分辨率？

参考： 比如原位HiC，DLO-HiC 实验流程不同，reads利用率存在差别。但是你的数据量适合多大分辨率，是否满足TAD(40Kb)，Loop(10Kb/5Kb)呢？ 上...

caokai001

4522 12 11

小雨_9026

这个题目是转载别人的，原出处没能找到，原作者看到可以联系删除。 当时在做这个转录组分析之前不太了解这个到底是什么，但是跟着流程完成了，也得到了结果，但是还是有很多问题不太明白...