谷流觞

@起个名字88 网络问题啊

如何构建kraken2个性化数据库

kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...

谷流觞

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谷流觞

最近偶然从一篇PNAs的文章，看到作者不仅进行了16S rRNA测序，而且通过marker基因和宏基因组bins同时计算了群落结构，对比三者发现，菌群结构相似。 看了一下ma...

谷流觞

@小王的事业粉 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/ 就在这里面

如何在blast结果中添加详细的物种信息

之前无论是做blastn或者是blastp都是仅仅在blast结果中显示了种属信息，没有添加详细的信息，添加种属信息很简单，只要结果里生成XML格式，之后转化成xls格式就O...

谷流觞

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谷流觞

我可以啊，你如果不行就先提取序列再建库

如何从NT/NR数据库中提取子库

最近做有关小鼠肠道微生物宏基因组，遇到两个问题，一是数据量太大，二是宿主污染严重。 估计宿主污染至少80%左右，因而就想通过一些方法，例如kraken、bowtie等把宿主污...

谷流觞

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谷流觞

很明显，是网络断开了。多试几次吧

如何构建kraken2个性化数据库

kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...

谷流觞

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谷流觞

@飞肠的世界 还是构建库的时候有问题吧

如何构建kraken2个性化数据库

kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...

谷流觞

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谷流觞

WGS是whole genome sequence的accession number，不一样的，你可以了解一下

如何在blast结果中添加详细的物种信息

之前无论是做blastn或者是blastp都是仅仅在blast结果中显示了种属信息，没有添加详细的信息，添加种属信息很简单，只要结果里生成XML格式，之后转化成xls格式就O...

谷流觞

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谷流觞

这个问题跟注释掉图片中的“die”那一行没关系。是perl 变量的事，不过应该问题不大。

如何构建kraken2个性化数据库

kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...

谷流觞

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谷流觞

之前一直在linux下用perl和python居多，对R的使用还停留在windows的Rstudio以及各种linux QIIME2等虚拟环境里的R。恰巧上两个星期遇到了li...

谷流觞

之前无论是做blastn或者是blastp都是仅仅在blast结果中显示了种属信息，没有添加详细的信息，添加种属信息很简单，只要结果里生成XML格式，之后转化成xls格式就O...

谷流觞

最近用conda创建了一个新的环境，conda activate进入新环境后，查看perl和python时还是发现： /usr/bin/perl/usr/bin/python...

谷流觞

原来生信处理一直用perl，之前虽然也写过python，但是linux下缩进4个空格实在有点烦 最近又想重新拾取python，就编辑了一下vimrc，利用tab键解决缩进问题...

谷流觞

虽然perl面向对象能力偏弱，且perl6一直为人诟病，但是仍然有许多生物信息方面的软件还是需要用到perl的 这就带来了一个问题，有时候就会报错，“缺少XX模块” 也不得不...

谷流觞

一台服务器，如果安装的软件多了，难免会各种冲突，好在docker和conda都可以解决这个问题 docker运行麻烦一点，还是优先从conda入手 conda list # ...

谷流觞

kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...