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7. vegan包进行PCoA分析和可视化简介 PCoA分析,即主坐标分析(principal co-ordinates analysis),是一种非约束性的数据降维分析方法,可用来研究样本的相似性或差异性,与PCA...
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7. vegan包进行PCoA分析和可视化简介 PCoA分析,即主坐标分析(principal co-ordinates analysis),是一种非约束性的数据降维分析方法,可用来研究样本的相似性或差异性,与PCA...
在微生物测序分析及相关的文章中,我们经常可以看到这样的图,称为稀释曲线(Rarefaction curves)。 稀释曲线是从样品中随机抽取一定测序量的数据(序列条数),统计...
那个茶的数据不对,画不出来
使用ggord包进行PCA分析和作图PCA(Principal Component Analysis)主成分分析, 用来考察多个变量间相关性一种多元统计方法,研究如何通过少数几个主成分来揭示多个变量间的内部结构...
这篇文章的后期验证工作非常大
【现学现卖·文献】病毒宏基因组分析相关文献(1)一、污水中病毒组 最近在看一些病毒宏基因组的论文。前几篇可能看得认真和全面一点,写得也会多,后面的论文方法什么的应该大同小异,就只总结流程图和“小异”。 1.大致内容流程图...
解决问题:interproscan 软件 在Linux中配置(个人经验,仅供参考~) 提示:安装的版本是interproscan-5.55-88.0-64-bit 一、参考文...
参考:https://www.jianshu.com/p/1bc986ee1a9e[https://www.jianshu.com/p/1bc986ee1a9e]https:...
1、下载安装MrBayes http://nbisweden.github.io/MrBayes/ git clone --depth=1 https://github.co...
文章:DRAM for distilling microbial metabolism to automate the curation of microbiome func...
后面那个出图的咋画的可以教教嘛
宏基因组功能注释(以COG为例)Contigs/Scaffolds序列经基因预测、ORF开放阅读框识别(Open Reading fr ame)和蛋白翻译之后,就可以进行功能注释分析了。我们将基因/蛋白序列...
能截图说一下每个该按哪个按钮吗
jModelTest的使用以下内容来自于对jmodeltest官方操作手册的总结和自己的实操经验 jModelTest 是用来计算最优核苷酸替代模型,依据5种不同的模型选择策略,包括最常见的AIC和B...
请问那个改成150的可以出一个教程吗,谢谢
idba_ud 安装(2018-05-24)这个拼接软件版本比较旧,但是相对于SOAPdenovo来说比较方便。 序列的拼接与组装是基因组测序数据处理中一个至关重要的步骤,对于高通量测序的海量短序列,拼接与组装显得尤为...
您好,我按照您的方法创建了自己的数据库,发现使用它进行物种注释的时候,出现 dump_table:Error reading in hash table,不知道如何解决
如何构建kraken2个性化数据库kraken2就不介绍了,是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列,那么如何构建kraken2的数据库呢? 首先推荐把kraken2安装...
连续两天在家习字。 第一天,继续小楷《黄庭经》。渐渐的,开始有点感觉,却发现胳膊酸得厉害,连举手都很困难。想起某书法老师说的,练习小楷若姿势不对,会练坏手臂。果然坏事,看来在...