做samtools mpileup过程中出现乱码。 这个是samtools版本的问题，这版samtools不支持-o关键字，改成管道输出。 bcftools filter有问...
发简信
IP属地：山东
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2023-03-15 重测序pipeline遇到的问题
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2021-12-27 phenazine程序的修改
run.conf.ini文件中reference database一定要用blast所用的数据库，否则会显示key error。 all_genes_with_categor...
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Diamond的使用
https://zouhua.top/archives/504431cd.html[https://zouhua.top/archives/504431cd.html]
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ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不...
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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宏基因组数据分析流程代码熊金波实验室出品 整理归纳：Larry 本次学习使用的服务器IP地址和其用户名账户密码如下： 地址：gs0.genek.tv 用户名：u3276 密码：genek.tv（建议...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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如何用SnpEff构建数据库
一般的物种数据库可以通过下面命令查询： java -jar /edisk1/program/snpEff/snpEff.jar databases | grep -i "pr...
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作物的连作障碍和作物病害的区别
连作障碍是指一块土地中种植近缘或是同种植物一年以上，植物生长正常，那么在相同土地上如果再栽种这种作物，病害会显著增加。通常，连作障碍不是由单一的植物病原引起的。植物病害是个更...
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你知道如何比较两个VCF文件吗？
最近工作中遇到需要比对两个不同的VCF文件，看看两个VCF文件中哪些变异位点是相同的，哪些是不同的。为了寻找解决办法，于是求救Google，发现了一篇非常不错的教程。于是今天...
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分子动力学模拟 对自由能画图
如何使用gnuplot：https://stackoverflow.com/questions/35818875/gnuplot-pm3d-with-contour-line...
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染色体上画基因结构图分布图之gggenes2018-11-7 基因结构图绘制之gggenes 最重要的包参考链接补上 https://github.com/wilkox/gggenes 安装包 注意这里绘图需要将Rs...
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基因组组装----SPAdes(一)
关于基因组组装的流程可以参考我的简书:https://www.jianshu.com/p/e02ecd537c83 前面介绍了SOAPdenovo2的使用，但是由于结果整体不...
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FastQC&Trimmomatic的安装及使用用FastQC或Trimmomatic去接头，低质量碱基 Fastqc 1、可直接对.fq.gz压缩文件操作2、结果默认路径生成在同文件的目录下，生成的文件夹为XX_fast...
