理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不...
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ChIP-seq基础入门 -
conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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宏基因组数据分析流程代码熊金波实验室出品 整理归纳：Larry 本次学习使用的服务器IP地址和其用户名账户密码如下： 地址：gs0.genek.tv 用户名：u3276 密码：genek.tv（建议...
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你知道如何比较两个VCF文件吗？
最近工作中遇到需要比对两个不同的VCF文件，看看两个VCF文件中哪些变异位点是相同的，哪些是不同的。为了寻找解决办法，于是求救Google，发现了一篇非常不错的教程。于是今天...
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染色体上画基因结构图分布图之gggenes2018-11-7 基因结构图绘制之gggenes 最重要的包参考链接补上 https://github.com/wilkox/gggenes 安装包 注意这里绘图需要将Rs...
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基因组组装----SPAdes(一)
关于基因组组装的流程可以参考我的简书:https://www.jianshu.com/p/e02ecd537c83 前面介绍了SOAPdenovo2的使用，但是由于结果整体不...
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FastQC&Trimmomatic的安装及使用用FastQC或Trimmomatic去接头，低质量碱基 Fastqc 1、可直接对.fq.gz压缩文件操作2、结果默认路径生成在同文件的目录下，生成的文件夹为XX_fast...
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质控软件fastQC的安装及用法
FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，得到多个测序数据的质量参数，让我们对测序数据质量有个初步的认识，从而判断后续的质控如何进行。 Fas...
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使用Trimmomatic过滤低质量序列
测序得到的raw reads一般多少会有些质量低或者带有adapters的序列，而Trimmomatic是一个很好的用来处理Illumina公司raw reads的软件。 1...
