PSMC软件分析群体历史有效群体大小流程 1 文件转换 基因组文件格式为.bam，callsnp之后，再转换为.fq.gz格式才能做为PSMC输入文件 bcftools mp...
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PSMC软件分析群体历史有效群体大小步骤（bcftools+PSMC)）
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2022-10-10 samtools分析测序基因组的depth和coverage
对基因组测序完成后，我们经常需要统计测序深度（depth）和对基因组的覆盖率（coverage） 这两个概念有时候不太好区分，有时coverage也表示测序深度x. 我们用s...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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报错'namespace:rvcheck'没有出口‘get_aes_var’这个对象
安装ggtree，library时报错'namespace:rvcheck'没有出口‘get_aes_var’这个对象。原因是版本问题，新的版本修改了ggtree需要的一些函...
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Dfoil - 推断祖先基因流-2. 在一篇讲泥炭藓的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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python中与系统发育相关的模块最近在学习 Bioinformatics with python cookbook 这本书第六章 Phylogenetics 的内容，了解到python中与系统发育相关的两个...
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种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
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生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (2)
接着上一次内容继续介绍，BBTools、BBMap中的一些实用的小工具。 BBMap Read Merger 合并双末端（PE）reads,在预期中这些reads有重叠的位置...
