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【经验】宏基因组的基因定量问题宏基因组的基因定量问题已经困扰我很久啦，今天稍稍梳理了一下，但是还是不大懂，后续分析到底怎么整，什么情况下做基因定量进行差异分析有必要。如果是基因已知数据库的方法，就像MEG...
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De novo组装#02 | 基因组survey (jellyfish+GenomeScope2)基因组Survey 是对基因组的大小、杂合情况进行评估。我们de novo组装一个物种的基因组之前，一般要对所测物种基因组大小有一个估计，以便后续测三代数据的时候，确定大概需...
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Metagenomic workflow 宏基因组分析流程更新 查看新版：宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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GO注释和富集分析概念介绍
什么是富集分析？ 当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。在得...
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差异分析工具STAMP手册2:使用手册（汉版）出于时代的自觉，我主动承担了STAMP(Statistical Analysis of Metagenomic Profiles)使用文档的翻译工作。原文28页，翻译如下，欢...
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如何构建kraken2个性化数据库
kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...
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Kraken的原理浅析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物组分析中最常用的软件，与其他同功能的软件相比，在速度快的前提下，准确性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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跟着Microbiome学作图：R语言ggplot2画堆积柱形图展示微生物门水平的相对丰度论文 Reduced diversity and altered composition of the gut microbiome in individuals with ...
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R语言与统计-1：t检验与秩和检验一般根据数据是否符合正态分布，选择合适的统计方法： 统计方法适用情况t.test()比较两组(参数)wilcox.test()比较两组(非参数)aov()或anova()比较...
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R包：phyloseq: 扩增子统计分析利器phyloseq: 扩增子统计分析利器 phyloseq包对多类型数据的综合软件，并其对这些数据提供统计分析和可视化方法。 介绍 微生物数据分析的主要挑战之一是如何整合不...
