宏基因组的基因定量问题已经困扰我很久啦，今天稍稍梳理了一下，但是还是不大懂，后续分析到底怎么整，什么情况下做基因定量进行差异分析有必要。如果是基因已知数据库的方法，就像MEG...
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【经验】宏基因组的基因定量问题 -
De novo组装#02 | 基因组survey (jellyfish+GenomeScope2)基因组Survey 是对基因组的大小、杂合情况进行评估。我们de novo组装一个物种的基因组之前，一般要对所测物种基因组大小有一个估计，以便后续测三代数据的时候，确定大概需...
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Metagenomic workflow 宏基因组分析流程更新 查看新版：宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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GO注释和富集分析概念介绍
什么是富集分析？ 当我们获得了一批生物数据时，例如转录组的数据，蛋白质组的数据，其中必然要做不同样本之间的差异基因分析这一步，例如空白对照组与实验组的差异基因或蛋白分析。在得...
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差异分析工具STAMP手册2:使用手册（汉版）出于时代的自觉，我主动承担了STAMP(Statistical Analysis of Metagenomic Profiles)使用文档的翻译工作。原文28页，翻译如下，欢...
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如何构建kraken2个性化数据库
kraken2就不介绍了，是一款挺好用的快速比对宏基因组软件。 现在有了nt数据库下面animal的序列，那么如何构建kraken2的数据库呢？ 首先推荐把kraken2安装...
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Kraken的原理浅析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物组分析中最常用的软件，与其他同功能的软件相比，在速度快的前提下，准确性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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跟着Microbiome学作图：R语言ggplot2画堆积柱形图展示微生物门水平的相对丰度论文 Reduced diversity and altered composition of the gut microbiome in individuals with ...
