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粳稻参考基因组ID转换粳稻参考基因组日本晴主要常用的有两个版本，分别为The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp...
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AlphaFold 3-PyMOL可视化1. 软件安装 AlphaFold 3分析网站(需要梯子和谷歌账号)：https://golgi.sandbox.google.com/about[https://golgi...
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TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片摘要 两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到...
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TBtools：在染色体上定位指定的基因（一整套流程）位置1.首先在Ensemblefungi获取该物种整个基因组的gff注释文件（或gtf注释文件，有谁就下载谁） 2.指定基因id的获取 可以用表格形式打开gff文件，一般指定基因...
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学习小组Day7 笔记-测序原理及分类（徐擎昱）基本名词flowcell： 测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lanelane： 测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置tile： 每次荧光扫描的位...
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用MrBayes构建系统发育树操作步骤整理总结
最近在学习构建进化树，尝试了用PHYML构建ML树和用MrBayes构建贝叶斯树，因为构建ML树时用的是网站的PHYML进行的，操作简便，所以就未做整理，只详细整理了一下贝叶...
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GATK：HaplotypeCaller变异检测本文是阅读一个做算法的文章，有些收获和想法，作为一种记录我们在使用gatk call snp的时候，常常使用HaplotypeCaller这个参数，这个参数的目的是检测出用来...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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基因家族扩张收缩分析- OrthoFinder聚类基因家族1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分： 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
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PAML-discussion-groupHi PAML Users,Welcome to the PAML discussion group. This site is for posting questions...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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maSigpro建模代码分析之p.vector前言 上一次我们说到了make.design.matrix，maSigpro建模代码分析之make.design.matrix[https://www.jianshu.com...
