小孟在充电

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html[http://bioconduct...

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今天分享另外一篇关于小鼠的全组织单细胞图谱。它是由来自美国斯坦福大学的一个研究团队组建了一个名为Tabula Muris的小鼠细胞信息的开源数据库（网址：https://ta...

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scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...

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⚠️该教程的PCA绘图基于ggplot2，可以根据ggplot2语法对图片进行额外的修改和保存。 1. 基础 PCA：全称Principal Component Method...

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snapatac2中有一副qc图是这样的： 这幅图是用plotly绘制的，他是用plotly画的，原函数长这样： 这幅图感觉素了点，对于plotly熟悉程度不如matplot...

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工具faSize，下载地址：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#utilities_downloads[https:...

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1. 报错描述： 当加载muon模块atac这个函数的时候，会出现下图报错 2. 报错原因： 这个其实是muon包中该函数没有更新，与scvi包冲突，但是不能简单的靠着自行修...

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scanpy也可以使用harmony，但是其实调用的Harmonypy这个包,其实使用的话倒是比较简单，就是下面这些命令，但是我不是很关心这个，关键是它怎么写的Fast, s...

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最近年中汇总，会持续到6月底，我们就分享一些基础知识！ 我们的任务是实现下面这张图 直接开始,读取数据 开始绘制 在这里我们大功告成，完成上面图谱的绘制。 扩展一下 使用gg...

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这里是佳奥！ 2022年的最后一天，让我们继续ATAC-Seq的学习！ 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、NRF、PBC1、PBC2、p...

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  做生信分析的小伙伴们，相信大家对bam文件都不陌生，但具体到如何get到bam文件提供给我们的信息，却少有人真正的理解，最近我做了相关的学习，和大家分享以下我的理解，具体...

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对于ATAC文库而言，其插入片段的长度分布有着非常典型的规律，示意如下 每200bp会存在一个峰，这个周期性波动反应的是核小体的个数。在ATAC_seq的数据分析中，会对插入...

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作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点...

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报错: 提示: 所在的环境中没有名为 'Java/17.0.2' 的模块可用 解决: 下载Java-17.0.2 （https://www.oracle.com/java/t...

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我也认为长读长测序是 RNA 测序的未来！随着价格的降低和碱基质量的提升，传统的二代RNA-seq会被逐渐取代。 很多物种的转录本非常多样和复杂，绝大多数真核生物基因不符合“...