R语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] R语言绘图包02--热...
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R语言绘图包13--共表达网络的绘制：igraph -
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simspec：基于细胞簇谱系相似性整合单细胞数据简介 在单细胞数据分析中，如何对跨不同实验、条件、批次、时间点或其他技术因素的单细胞测序数据进行多样本整合仍然是一个重大的挑战。需要新的计算方法来整合多个样本矫正批次效应，同...
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plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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【函数整理版】从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象2022-06-15
适用背景 昨天写的文章[https://www.jianshu.com/p/8a81071571d9]介绍了Anndata对象转成Seurat对象的流程，但是比较稀碎，所以这...
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学习写python包——data_models.py
scDataset 类 这段代码定义了 scDataset 类，它是一个用于表示单细胞数据集的 Python 类。这个类继承自 torch.utils.data.Datase...
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从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14
关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jianshu.com/p/48a6886...
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encode eclip 数据分析流程
# 准备： 测序数据：fastq格式；RBFOX2 HepG2测序数据 - RBFOX2[https://s3-us-west-1.amazonaws.com/externa...
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OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html[http://bioconduct...
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【单细胞全图谱】小鼠全组织的单细胞图谱今天分享另外一篇关于小鼠的全组织单细胞图谱。它是由来自美国斯坦福大学的一个研究团队组建了一个名为Tabula Muris的小鼠细胞信息的开源数据库（网址：https://ta...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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PCA原理解读和绘制方法⚠️该教程的PCA绘图基于ggplot2，可以根据ggplot2语法对图片进行额外的修改和保存。 1. 基础 PCA：全称Principal Component Method...
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2024-09-28 snapatac2 qc图美化snapatac2中有一副qc图是这样的： 这幅图是用plotly绘制的，他是用plotly画的，原函数长这样： 这幅图感觉素了点，对于plotly熟悉程度不如matplot...
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可能是最全的单细胞数据库汇总（2023更新版本）
Human cell atlas, HCA：https://data.humancellatlas.org/[https://data.humancellatlas.org/...
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2024-07-24 基因组FASTA文件中每个序列(染色体或其他序列)的大小的计算工具faSize，下载地址：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#utilities_downloads[https:...
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秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）
写在前面 最近在ATAC-Seq中call peaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effective genome size） 方法一 自己编写脚本 运行脚本，脚本后...
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2024-05-02 解决ImportError: cannot import name '_compute_connectivities_umap' from 'scanpy.neighbor...1. 报错描述： 当加载muon模块atac这个函数的时候，会出现下图报错 2. 报错原因： 这个其实是muon包中该函数没有更新，与scvi包冲突，但是不能简单的靠着自行修...
