R语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] R语言绘图包02--热...
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R语言绘图包13--共表达网络的绘制：igraph -
simspec：基于细胞簇谱系相似性整合单细胞数据简介 在单细胞数据分析中，如何对跨不同实验、条件、批次、时间点或其他技术因素的单细胞测序数据进行多样本整合仍然是一个重大的挑战。需要新的计算方法来整合多个样本矫正批次效应，同...
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plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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【函数整理版】从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象2022-06-15
适用背景 昨天写的文章[https://www.jianshu.com/p/8a81071571d9]介绍了Anndata对象转成Seurat对象的流程，但是比较稀碎，所以这...
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学习写python包——data_models.py
scDataset 类 这段代码定义了 scDataset 类，它是一个用于表示单细胞数据集的 Python 类。这个类继承自 torch.utils.data.Datase...
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从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象（适用于空间组且涉及h5文件读写）2022-06-14
关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jianshu.com/p/48a6886...
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encode eclip 数据分析流程
# 准备： 测序数据：fastq格式；RBFOX2 HepG2测序数据 - RBFOX2[https://s3-us-west-1.amazonaws.com/externa...
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OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html[http://bioconduct...
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【单细胞全图谱】小鼠全组织的单细胞图谱今天分享另外一篇关于小鼠的全组织单细胞图谱。它是由来自美国斯坦福大学的一个研究团队组建了一个名为Tabula Muris的小鼠细胞信息的开源数据库（网址：https://ta...
