对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html[http://bioconduct...
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OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet -
【单细胞全图谱】小鼠全组织的单细胞图谱今天分享另外一篇关于小鼠的全组织单细胞图谱。它是由来自美国斯坦福大学的一个研究团队组建了一个名为Tabula Muris的小鼠细胞信息的开源数据库（网址：https://ta...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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PCA原理解读和绘制方法⚠️该教程的PCA绘图基于ggplot2，可以根据ggplot2语法对图片进行额外的修改和保存。 1. 基础 PCA：全称Principal Component Method...
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可能是最全的单细胞数据库汇总（2023更新版本）
Human cell atlas, HCA：https://data.humancellatlas.org/[https://data.humancellatlas.org/...
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秘籍 | 计算基因组的有效大小（effective genome size）
写在前面 最近在ATAC-Seq中call peaks的时候发现需要用到基因组的有效大小（effective genome size） 方法一 自己编写脚本 运行脚本，脚本后...
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Harmonypy解析scanpy也可以使用harmony，但是其实调用的Harmonypy这个包,其实使用的话倒是比较简单，就是下面这些命令，但是我不是很关心这个，关键是它怎么写的Fast, s...
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Tracksplot的绘制（绘图基础知识）最近年中汇总，会持续到6月底，我们就分享一些基础知识！ 我们的任务是实现下面这张图 直接开始,读取数据 开始绘制 在这里我们大功告成，完成上面图谱的绘制。 扩展一下 使用gg...
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【ATAC-Seq 实战】四、计算插入片段长度，FRiP，IDR值与deeptools可视化这里是佳奥！ 2022年的最后一天，让我们继续ATAC-Seq的学习！ 1 计算插入片段长度 非冗余非线粒体能够比对的fragment、比对率、NRF、PBC1、PBC2、p...
