Ensembl 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成： http://uswest.en...
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解析 Ensembl 的数据库服务器（图文详解） -
中国科学院大学2021年表观遗传学期末思考题思考题1：表观遗传学概念，分子机制，及表观遗传经典现象 一、概念： 在不改变DNA序列的前提下，所引起的可遗传的性状（基因表达）的变化。 二、分子机制： 1.DNA甲基化与去...
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day16ChIP-seq下载数据要实战之前，要有数据和软件两样。 一、数据 从网上下载数据，最好的办法是本节最后的方法直接用sratoolkit里的fastq-dump命令。 下面的是学习过程，但是走弯路了...
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PART1 6mA-seq第一次学习有不合适的地方欢迎小伙伴们留言！感谢简书提供的学习平台！ 1.数据质控 由于使用的是cleandata,所以先对数据进行质控 -t 表示多少个线程-o 输入路径，就...
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RNA-seq入门（三）比对、输出表达矩阵一、hisat2进行转录组比对 1. 首先下载参考基因组 在NCBI,UCSC和Ensemble数据库都可以下载到参考基因组，这里下载UCSC的参考基因组。 https://...
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PART1 m6A/MeRIP-seq此次学习的m6A/MeRIP-seq 适合单个细胞样本或者bulk样本 work flow 需要用到的包： Cutadapt, tested with 1.15Samtool...
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4、RNAseq(4)--Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化概况：使用处理后的fastq文件和基因组与转录组比对，确定在转录组或者基因组中的关系。在转录组和基因组的比对采取的方案不同。分别是ungapped alignment to ...
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