matrix matrix > data.frame matrix > dist data.frame > dist dist > matrix原来的自我距离统一转成0 di...
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总结:第1、6、7距离算法较多,但是1计算距离前无法对原始OTU进行hellinger转换,相反6和7均可以,但是7操作步骤稍显复杂,使用6更快捷方便ps:怎么做hellin...
这个需求真的太常见了!注意问题强调的几个关键词:一是快速,二是大量,三是差异明显。在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本,比如宏基因组中的物种分析: 方法一:自定义 自定义...
Github: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
安装使用 比对nr库 提速办法 亲测增加 --block-size 15 --index-chunks 1这两个参数后速度提升10倍以上。 参考:使用DIAMOND将全基因组...
转换为ggplot对象,调整右边距 前: 后:
前言 首先,这篇文章介绍的文件格式格式:基因组fasta、测序数据fasta、基因组不同软件构建的索引文件index、fastq、sam、bam、bed、gtf、gff、vc...