一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析 -
StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DESeq2 分析差异基因。这里把...
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UCSC官网下载TSS.bed文件1.进入UCSC官网（ 2.进入table browser工具后进行选择： track里可以选择NCBI RefSeq或者UCSC gene，这里选了NCBI group一般...
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HiC矩阵可视化之-HiCPlotter1. 软件安装 软件是python写的，不需要安装但是需要安装需要的库。 Numpy, Scipy, Matplotlib. 2. 输入文件要求 =====matrix格式的...
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HI-C 数据分析pipeline（三：AB compartment 区室计算）使用HicPro处理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
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最详细的HiC-Pro使用记录及结果解读Hi-C技术通过交联等实验步骤获得空间上相连的DNA片段，即物理位置上较远的DNA片段之间的互作信息。根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间的互作概率将不同的contig...
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samtools的功能大全：查看bam文件外还能做什么
必须学习这篇英文：http://www.htslib.org/doc/samtools.html【继续更新ing】 samtools view -h 查看bam文件，包含头文...
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Hi-C文库数据质控及解读
来源： 三维基因组Magic [三维基因组Magic](javascript:void(0);) 2017-11-29 Hi-C文库数据质控及解读 数据自身的质量在很大程度上...
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生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C原理简介 1.1 ...
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干货！Hi-C研究抽象变具象，就读这篇！2009年，Job Dekker首次开发出Hi-C技术，实现了全基因组单位内染色体片段间相互作用的捕获。高通量染色体三维构象捕获技术Hi-C（High-throughput ...
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【三维基因组】ABCompartment分析软件ABcompartment和TAD主要采用cworld 软件进行分析。 Cworld 软件架构如下： Cworld软件安装 https://github.com/dekker...
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R语言_read.table()函数用法
前言：微博参与话题 #给你四年时间你也学不会生信# read.table()函数是R最基本函数之一，主要用来读取矩形表格数据。 各参数的说明如下： （1）filefile是一...
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R语言_数据框排序与数据框连接主要学习R语言的专题为以下几个内容： 数据框排序表达矩阵画箱线图花里胡哨的连接 需要重点掌握： R语言里的管道符号：%>%str_detect()Ifelse()apply(...
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生信 | 三维基因组技术（四）：Compartment 分析流程写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Compartment计算...
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RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较本节概览：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图3.选取差异基因绘制火山图和热图 承接前期文章：RNA-seq入门实...
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表观组学：call peak概念和MACS2算法原理，最简明清晰的call peak一文通在诸如：ChIP-seq、ATAC-seq、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我们常常听到一个词Call Peak。Call Peak究竟是什么东西，得到的结果又...
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「文献01」ATAC-pipe: ATAC-seq分析的工具包日期：2019年1月6日——2019-Week1分类：「工具」题目：ATAC-pipe: general analysis of genome-wide chromatin ...
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转录组中的基因表达模式聚类分析
欢迎关注”生信修炼手册”! 实验设计对于转录组数据的分析是非常重要的，对于常规的case/control实验设计，通过两组间的差异检验就可以得到不同条件下的差异基因；对于多组...
