一、安装软件 1、HISAT2 将reads比对到基因组上 2、StringTie 将比对好的reads进行拼装并预计表达水平 3、SAM tools 课上已经用sudo a...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析 -
StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DESeq2 分析差异基因。这里把...
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UCSC官网下载TSS.bed文件1.进入UCSC官网（ 2.进入table browser工具后进行选择： track里可以选择NCBI RefSeq或者UCSC gene，这里选了NCBI group一般...
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HiC矩阵可视化之-HiCPlotter1. 软件安装 软件是python写的，不需要安装但是需要安装需要的库。 Numpy, Scipy, Matplotlib. 2. 输入文件要求 =====matrix格式的...
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HI-C 数据分析pipeline（三：AB compartment 区室计算）使用HicPro处理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
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最详细的HiC-Pro使用记录及结果解读Hi-C技术通过交联等实验步骤获得空间上相连的DNA片段，即物理位置上较远的DNA片段之间的互作信息。根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间的互作概率将不同的contig...
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samtools的功能大全：查看bam文件外还能做什么
必须学习这篇英文：http://www.htslib.org/doc/samtools.html【继续更新ing】 samtools view -h 查看bam文件，包含头文...
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Hi-C文库数据质控及解读
来源： 三维基因组Magic [三维基因组Magic](javascript:void(0);) 2017-11-29 Hi-C文库数据质控及解读 数据自身的质量在很大程度上...
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生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C原理简介 1.1 ...
