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日常瞎掰   在HiC的交互矩阵里，随着基因组距离的增加，染色体片段之间的交互频率降低。通过染色体距离与交互频率间的这样关系，我们可以获知全基因组范围内的pattern。并且...

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日常瞎掰   工欲善其事必先利其器，好用的工具对做事来说很重要，可以让你做起事来收到事半功倍的效果。前段时间分析数据时，需要给intervals做基因注释，需要操作gtf文件...

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日常瞎掰   最近在分析scRNA-seq的数据，三个样本数据不大，用Seurat分析真的很香！奈何又要下载公共数据的样本，这样一捣腾，Seuart倒显得有些力不从心了，何也...

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  最近做了一个似乎有些无聊的事情，就是分析RNA-seq的差异基因在染色体上的密度分布。为什么说无聊呢？因为不知道这个分析能说明什么问题，也没有看到过类似如差异基因在染色体...

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日常瞎掰   火山图作为展示差异基因的首选，可以说是生信分析常见的图形了。常规的火山图会在x、y轴方向上添加垂直参考线，以方便区分满足阈值的差异基因。常规的火山图这里就不多了...

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日常瞎掰   HiC-seq可以用来研究基因组范围内的染色体片段之间的交互情况，这其中会涉及到染色质区室(A/B compartments)的变化情况。HiC的相关概念这里不...

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日常瞎掰   一图胜千言，说明了其作为一种展现形式在呈现数据结果时的重要性。虽说图的本质是用来展示结果，其最主要的功能是以简单的形式说明数据中蕴含的意义，但有时候好看的外表也...

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前言   今天想跟大家分享一下单细胞分析中的一个需求，就是如何将h5的表达量文件转化为常见的表达矩阵。大部分情况下，我们是不需要用到这个需求，因为通常我们见到的表达量文件是下...

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DNA甲基化的前世今生   DNA甲基化作为一种可遗传的表观遗传修饰，在生物个体的生长发育与繁殖过程中，维持遗传物质的稳定性是至关重要的。在真核生物基因组中，编码基因仅仅占一...

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  系统进化树(dendrogram )，一个用来展示亲缘关系的树状图解可视化方法。最常规的进化树大家应该不陌生，就是简单的树状分支结构。今天来分享一种进化树的高颜值画法。 ...

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  今天继续分享生信分析中常见的图形 -- barplot。绘制的过程分别采用R基础函数barplot和ggplot2，这样可以比较一下绘制过程的差别，让我们一起来看看散装和...

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前言   时间过的真快，一转眼距离上一次发帖已经过去两周的时间，不知道这两周时间自己都忙了些啥，时间就没有了。真的是越穷越忙，越忙越穷啊！   上周测试了一个软件——Chro...

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日常瞎掰   ChIP-seq可以用来研究某种转录因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在基因组上的结合位置，从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因，继而推测出在生物过程中的相关...

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日常瞎掰   最近网络上出现频率最多的词莫过ChatGPT，这足以说明其受欢迎的程度。那么，它的实力到底如何呢？从网络上出现的帖子也许可以窥见一二。带着这种好奇与崇拜，期待与...

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前言 html5、css学习总结。每天花一个小时的学习时间，经过两周多学习，终于对 html 和 css 基本规则有了一定的了解。语法虽然挺简单，但知识点还是很多的，想要完全...

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scRNAseq可谓是目前科研界研究细胞异质性的有效手段，正处于如火如荼的阶段。单细胞分析一个很重要目的就是为了确定细胞的类型。说到单细胞分析，大家第一时间想到的肯定...