生信云笔记

日常瞎掰   在HiC的交互矩阵里，随着基因组距离的增加，染色体片段之间的交互频率降低。通过染色体距离与交互频率间的这样关系，我们可以获知全基因组范围内的pattern。并且...

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日常瞎掰   工欲善其事必先利其器，好用的工具对做事来说很重要，可以让你做起事来收到事半功倍的效果。前段时间分析数据时，需要给intervals做基因注释，需要操作gtf文件...

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日常瞎掰   最近在分析scRNA-seq的数据，三个样本数据不大，用Seurat分析真的很香！奈何又要下载公共数据的样本，这样一捣腾，Seuart倒显得有些力不从心了，何也...

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  最近做了一个似乎有些无聊的事情，就是分析RNA-seq的差异基因在染色体上的密度分布。为什么说无聊呢？因为不知道这个分析能说明什么问题，也没有看到过类似如差异基因在染色体...

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日常瞎掰   火山图作为展示差异基因的首选，可以说是生信分析常见的图形了。常规的火山图会在x、y轴方向上添加垂直参考线，以方便区分满足阈值的差异基因。常规的火山图这里就不多了...

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日常瞎掰   HiC-seq可以用来研究基因组范围内的染色体片段之间的交互情况，这其中会涉及到染色质区室(A/B compartments)的变化情况。HiC的相关概念这里不...

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日常瞎掰   一图胜千言，说明了其作为一种展现形式在呈现数据结果时的重要性。虽说图的本质是用来展示结果，其最主要的功能是以简单的形式说明数据中蕴含的意义，但有时候好看的外表也...