发简信
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披着ggplot皮的pheatmap,深夜激动更新我的包0.写在前面 从我学生信开始，画热图用的就是pheatmap，有时复杂化的需求会用到ComplexHeatmap。作为R语言画图的绝对霸主，ggplot2的热图却无法在热图的...
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Seurat3.0对象及其操作列表seurat V3.0 命令列表https://satijalab.org/seurat/essential_commands.html[https://satijalab....
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SingleR || 单细胞细胞类型定义工具注：本教程的SingleR是老版本的(1.0.0)，由于SingleR在Revised: December 18th, 2019已经升级到SingleR 1.0.5，新版本的...
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如何用转录组数据定量肿瘤浸润免疫细胞有哪些方法可以用于评判肿瘤免疫浸润 方法很多，这里先选个简单一点MCPcounter，GEO和TCGA数据都可以分析，更重要的是因为包治百病=. = MCPcounter 加...
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R语言中无法循环生成向量名的解决方法
R语言中有时需要在循环中生成一个向量，之后再把每一个循环的结果组成一个数据框。这个过程中可能遇到一个问题：向量生成方法只有x<-c(),没有name=xxx之类的参数，无法用...
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Official release of Seurat 3.0的学习过程2018年8月份的时候，我也使用过seurat来分析单细胞测序数据，然后最近也需要使用seurat包来分析实验室的单细胞测序数据，在R中安装完seurat的包后，我到网站上下...
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这个是Seurat包DoHeatmap()的默认参数，如果用Seurat画图的话不需要单独设定。要是用其他包做的话得看其他画图命令的帮助文档。
Seurat::DoHeatmap 的谜之报错
Seurat::DoHeatmap 的谜之报错 最近在学习Seurat教程（Seurat版本3.0.2），发现运行到倒数第二步做热图展示marker genes时总是报错 主...
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图解疫情！获取nCov2019包中的疫情信息最近Y叔的R包nCov2019手机了2019冠状病毒的最近数据，昨天把相关推文转到了群里，小伙伴们积极参与，但是也有同学遇到了问题，在此总结一下 主要代码： 简单的条形图展示...
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课程会在2019年9月底之前录制完毕并上线： 课程说明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代码在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 观看链接 手机微信观看（推荐）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 电脑浏览器的链接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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哈哈，受教了，等我有空再试试
Seurat::DoHeatmap 的谜之报错
Seurat::DoHeatmap 的谜之报错 最近在学习Seurat教程（Seurat版本3.0.2），发现运行到倒数第二步做热图展示marker genes时总是报错 主...
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我帮人debug时也发现，画图时报错的，一般不是画图代码的问题，通常是画图的数据没有生成
这年头没有火眼金睛，不敢教R语言了
问题背景 https://mp.weixin.qq.com/s/DFIwVwrgN4s-FK4WjWuO3Q 在这一篇推文里，我写了怎么正确显示坐标轴顺序。 不调整的话横坐标...
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说的是meta.data吗？那个存的是样本lable、以及你输入的患者信息、计算的cluster信息等资料
Seurat::DoHeatmap 的谜之报错
Seurat::DoHeatmap 的谜之报错 最近在学习Seurat教程（Seurat版本3.0.2），发现运行到倒数第二步做热图展示marker genes时总是报错 主...
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龙星计划第二天-关于alignment工具刘小泽写于19.7.30来北大的龙星计划做助教，接触了一些之前没有了解过的一些知识，简单做下记录，我个人其实是没有这方面需求的因为课程都是配置在华为云上的，所以使用的数据也都...
