惊鸿影

@小钟不吃香菜 他本身就已经排好序了吧？

使用TBtools进行本地blast并根据blast结果提取相关序列

TBtools 是一个集合了超多生信处理的小工具，非常方便，而且是无命令行的操作，入门门槛极低。开发者是华南农业大学陈程杰博士，TBtools文章地址：https://www...

惊鸿影

30977 2 17

惊鸿影

不太清楚你这什么情况，但是你那路径上有三个问号 你看看是不是路径上有中文

Rstudio WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please do...

最近安装R包时出现“WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installe...

惊鸿影

11428 2 4

惊鸿影

我没用biogeo 不过这个扩散事件，你重建了之后应该就有的

使用BAMM估算分化速率

BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一种根据系统发生树对物种形成、灭绝和性状进化的复杂动力学建模的程序...

惊鸿影

1937 3 5

惊鸿影

应该没那么慢吧 不知道你那数据量多大 我这200个样的数据也是几个小时就跑完了

使用bammtools对bamm分析结果可视化

BAMM的全称是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是贝叶斯，运行后首先就要看看运行是否收敛 结果如下...

惊鸿影

1096 4 5

惊鸿影

您好：我在wgd ksd 这一步报错了，能帮忙看一下么
报错信息很长，结尾大概是这样
_parse_codeml_out(codeml_out='/home/uni08/cmunego/software/wgd/example/test/ks_tmp.3b8ab51173d958/GF_000001.codeml')
63 likelihood = re.compile('lnL\s*=(\D*\d+.\d+)')
64
65 # read codeml output file
66 with open(codeml_out, 'r') as f:
67 fcont = f.read()
---> 68 n = int(fcont.split("\n")[3].split()[2].strip())
n = undefined
fcont.split.split.strip = undefined
69 codeml_results = fcont.split('pairwise comparison')[-1].split("\n\n\n")[1:]
70 if len(codeml_results) != n*(n-1)/2:
71 logging.error("Not all gene pairs present in {}".format(codeml_out))
72 return None, None

IndexError: list index out of range

WGD全基因组复制

一：软件安装 二：程序运行 1.wgd mcl鉴定基因组内的同源基因 输出文件夹里面有两个文件： *.tsv: BLASTP的outfmt6输出结果*.tsv.mcl: MC...

多啦A梦的时光机_648d

2107 2 16

惊鸿影

@Yorleleiyo 提最长的

使用paml计算kaks值练习

感谢大壮大佬的教程，教程来源 https://zhuanlan.zhihu.com/p/105159767[https://zhuanlan.zhihu.com/p/1051...

惊鸿影

1855 3 3

惊鸿影

@王雪琴_e546 提示你文件是空的 你看看自己的命令有没有什么问题

细胞器基因组（叶绿体、线粒体）组装神器GetOrganelle介绍

GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，论文发表在Genome Biology[https://genomebiolo...

惊鸿影

5651 2 6

惊鸿影

1. 安装blast 2. BLAST数据库的构建 3. 运行blast 从上一步中获得的blast结果的list，blast结果文件中只能提取比对上的相同字段，不能提取bl...

惊鸿影

可以直接用conda安装 如下步骤假设你有一个基因组序列和一个参考的同种或近缘CDS序列，分别命名为"genome.fa"和"cds.fa" （其中genome是作为refe...

惊鸿影

先用top -l 查看正在后台运行的任务 kill [PID] 按PID名字结束后台任务killall -9 [COMMAND] 结束所有相同COMMAND的任务如 就删除...

惊鸿影

很多软件运行需要二叉树，但是往往我们运行得到的不是标准二叉树，可以使用ape R 包进行转换报错信息：Error in check.tree(tree) : 'tree' m...