这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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你到底想要什么样的umap/tsne图？随着生物学背景知识的增加，单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了，这就要求我们提高绘图技...
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scRNAseq || 堆叠小提琴图(StackedVlnPlot)的4种实现方式最近一直在学习单细胞方面的知识，无意中看到别人的帖子在分享如何画堆叠的小提琴图(StackedVlnPlot)，顺便就学习了一下。发现StackedVlnPlot图确实看...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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您好，请问READs在参考基因上的分布统计图如果是5’端高，是什么原因？
【陈巍学基因-2】RNA-seq
欢迎关注oddxix RNA-seq是高通量测序中最常见的一种应用，本期视频介绍其：1.方法原理2.生物信息分析 表达差异（1）火山图展示（2）聚类分析（3）GO分析（4）P...
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【单细胞入门必读】单细胞RNA-seq技术和数据分析简介
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 单细胞RNA测序(scRNA...
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RNA-seq完整分析过程linux基本命令 第六章 Linux文件与目录管理 极客学院服务器 高通量相关基础知识 生信一百讲 1、 Anaconda Anaconda是一个Python下和Canop...
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个人觉得AD和DP可以分别设定阈值过滤一下
为什么我得到的VCF中Allele Depth（AD）比预期的低好多？（GATK官方解答）
疑问： 当我想要通过VCF文件查看一个突变位点的变异reads支持数时，发现文件展示的DP (total depth) 和AD (allele depth)的数量对应不上是咋...
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MANTA的结果文件其实就是VCF格式的，合并结果可以试试GATK4的GatherVcfs，或其他可以合并VCF的工具。但是我没有实操过，不知道建议可不可行，也许我想的过于简单了。如果您试过了，也欢迎您回来反馈一下。
一文读懂SV检测软件Manta的结果文件
Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
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中心极限定理的最最通俗解释一、什么是中心极限定理 在适当的条件下，大量相互独立随机变量的均值经适当标准化后依分布收敛于正态分布。每次从这些总体中随机抽取 n 个抽样，一共抽 m 次。 然后把这 m 组...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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MANTA的结果中，在INFO中有SVLEN中描述除了染色体易位以外的其他结构变异的长度。对于插入缺失倒位来说，可以通过算法找到片段两侧端点，所以可以计算长度。对于染色体易位来说，只能确定一侧端点位置，另一侧确是找不到的，长度也无从计算。如果找到了，就可以算做插入，倒位之类的结构变异了。这是仅仅我的个人理解，不敢自称老师的。。
一文读懂SV检测软件Manta的结果文件
Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
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“每对染色体中的两条,基因相同,只需测一条就可知另一条的基因。如果是这样的话,需测22对常染色体,那么剩下的就自然是两条性染色体,因为X染色体与Y染色体构造有所不同（Y染色体比X少一部分）,所以两条都要测。” 这句话读起来很别扭。
在实际的测序中，是没有办法只测一条染色体，留一条不测的。测序时通常取的是细胞，本就包含来自父本和母本的两套染色体，没有办法把他们分开测序。双端测序中read1和read2的关系
在跟着健明老师学习生物信息学的过程中，少走了很多弯路，躲过了很多坑，在指导下浅尝过一些。但是自己常常扣原理，又双叒叕落坑，百思不得其解。以下是之前遇到的问题，今天整理带大...
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平移并连接到另一段染色体上，在IGV上会表现为截断序列出现在一个断点的左侧，和一个断点的右侧。
一文读懂SV检测软件Manta的结果文件
Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
