近年来，空间基因表达技术得到了迅速的发展，其中最成熟的商业化平台是来自10X Genomics的Visium，它们允许我们在形态学背景下进行基因表达谱分析。空间转录组被Nat...
IP属地：吉林
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STRbook|| 纵论空间转录组前世今生 -
@iBioinformatics 解决方式如上
Pyscenic 转录因子分析feather V2 问题
dbs = [RankingDatabase(fname=fname, name=name(fname)) for fname in db_fnames] 进行至这一步的时候...
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scenic的版本更新导致文件变动，代码也改动了一些。转化v2时候没有加尾缀。也可以转化完后手动改。文件末尾的feather改成 .genes_vs_motifs.rankings.feather，这样就满足正则表达式判断了。
Pyscenic 转录因子分析feather V2 问题
dbs = [RankingDatabase(fname=fname, name=name(fname)) for fname in db_fnames] 进行至这一步的时候...
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倾向性评分(propensity score, PS)
随机对照实验是推断因果关系的金标准，即通过随机化过程对所有的基线因素进行平衡。也就是说，在满足入选条件的病人中，他们是否接受治疗是通过完全随机化决定的。 因此观察到的病人结局...
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误导别人太严重了，首先FDR不是假阳性率而是错误发现率，二者质的不同。其次Q value = FDR = adjusted p value这个等式完全不成立，假如觉得成立，那么某些软件都给了，你怎么选。再者BH法的p值排序是从大到小的。
FDR-P值是什么东西！
概念 FDR，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次检验假阳性率的指标（False positive rate） ；q value：衡量错误发现...
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作者您好，您这篇转述2002年新闻的内容实在是纰漏过多，可能对他人造成误解。目前是bing搜索“小鼠基因数”的推荐条目，可否进行内容更新。1.基因数目从来不是固定的数字，而是在不断随着认识加深而变动的，如今的基因数早就和2002年的所谓“三万”关系甚远。2.“垃圾DNA”的概念早已被淘汰，ENCODE计划都已经进行十余年。3.更可靠且更有时效性的信息见GENCODE项目组的统计https://www.gencodegenes.org/human/stats.html和https://www.gencodegenes.org/mouse/stats.html
小鼠基因组图谱鼠基因数目约3万个
科学家公布小鼠基因组图谱鼠基因数目约3万个，包含垃圾DNA，与人类惊人相似 据新华社电(记者毛磊)美英科学家6日称，他们已基本完成小鼠基因组图谱的绘制工作。科学家们在宣布这一...
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plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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基质细胞不是上皮细胞，它由中胚层发育过来的，而上皮细胞主要是外胚层和内胚层发育来的。
什么是基质细胞（Stromal cells）
基质细胞 是存在于免疫组织（胸腺，淋巴结，脾脏，骨髓）中的上皮细胞，表达多种生长因子，配体和受体，并促进淋巴细胞的发育，成熟，凋亡和免疫反应。Stromal cells ar...
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RcisTarget || 从基因列表到调控网络单细胞技术正在加强我们对细胞本身的理解。什么是细胞类型，不就是基因选择性表达的结果吗？而基因的选择表达受到一系列的转录调控，在这个意义上，细胞命运背后的驱动力在于各自转录因子...
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【双聚类】Unibic双聚类算法什么是双聚类？ 自从基因芯片技术产生以来，大量的生物数据需要分析，这些数据大多规格化之后以矩阵的形式表示和存储，俗称 DNA 微阵列矩阵或基因表达数据矩阵。一般的聚类是根据数...
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VCF(variant call format)文件格式详解vcf格式是做变异(variant)分析的时候最常见的一种格式，主要包括一些header和位点的信息。可以参考这个说明文档学习：https://www.internation...
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（三）：scATAC-seq data integration
在本教程中，我们将学习使用Signac包对多样本的scATAC-seq数据进行整合分析。这里，我们对来自10x Genomics和sci-ATAC-seq技术测序的成年小鼠大...
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Likelihood Ratio, Wald和Lagrange Multiplier(Score)检验的区别与相似点文章说明 本文是对参考原文链接这篇文章的翻译。如有疑问或译文有误，可留言修正。 写作目的 本文尝试这些基本概念1)似然比检验2)Wald检验3)分数检验。 一位研究员想要估计...
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@云破月来xxz MLV逆转录酶是拥有依赖DNA的DNA合成活性的
关于SMART-seq2建库过程中template switching（模板转换）的反应机制的理解
今天重读了一遍SMART-seq2的原理，发现自己之前对于template switching的反应过程的理解似乎并不合适，因此便想把自己对于模板转换反应机制的理解写下来，以...
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Smart-seq3 || 用改进的单细胞测序绘制细胞类型的高分辨率图谱
单细胞RNA测序(scRNA-seq)已经彻底改变了生物和组织中细胞类型及其基因表达程序的特性。虽然细胞通量有了很大的提高，但这些方法通常存在低灵敏度和定量的问题，且仅限于短...
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请问 这种利用Tn5引入s7和s5的方法，由于只会保留异型的接头，那岂不是会导致50%的cDNA会丢失吗
单细胞smart-seq2建库原理
应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10X Genomics公司的解决方案，但是在某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技...
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单细胞smart-seq2建库原理应用单细胞测序技术研究科学问题越来越普遍，当下应用最火热的是10X Genomics公司的解决方案，但是在某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中，Smart-seq2技...
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双端=R1+R2
10x Genomics RNA-seq 原理详解
近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的...
