近年来，空间基因表达技术得到了迅速的发展，其中最成熟的商业化平台是来自10X Genomics的Visium，它们允许我们在形态学背景下进行基因表达谱分析。空间转录组被Nat...
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STRbook|| 纵论空间转录组前世今生 -
倾向性评分(propensity score, PS)
随机对照实验是推断因果关系的金标准，即通过随机化过程对所有的基线因素进行平衡。也就是说，在满足入选条件的病人中，他们是否接受治疗是通过完全随机化决定的。 因此观察到的病人结局...
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plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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RcisTarget || 从基因列表到调控网络单细胞技术正在加强我们对细胞本身的理解。什么是细胞类型，不就是基因选择性表达的结果吗？而基因的选择表达受到一系列的转录调控，在这个意义上，细胞命运背后的驱动力在于各自转录因子...
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【双聚类】Unibic双聚类算法什么是双聚类？ 自从基因芯片技术产生以来，大量的生物数据需要分析，这些数据大多规格化之后以矩阵的形式表示和存储，俗称 DNA 微阵列矩阵或基因表达数据矩阵。一般的聚类是根据数...
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VCF(variant call format)文件格式详解vcf格式是做变异(variant)分析的时候最常见的一种格式，主要包括一些header和位点的信息。可以参考这个说明文档学习：https://www.internation...
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（三）：scATAC-seq data integration
在本教程中，我们将学习使用Signac包对多样本的scATAC-seq数据进行整合分析。这里，我们对来自10x Genomics和sci-ATAC-seq技术测序的成年小鼠大...
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Likelihood Ratio, Wald和Lagrange Multiplier(Score)检验的区别与相似点文章说明 本文是对参考原文链接这篇文章的翻译。如有疑问或译文有误，可留言修正。 写作目的 本文尝试这些基本概念1)似然比检验2)Wald检验3)分数检验。 一位研究员想要估计...
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Smart-seq3 || 用改进的单细胞测序绘制细胞类型的高分辨率图谱
单细胞RNA测序(scRNA-seq)已经彻底改变了生物和组织中细胞类型及其基因表达程序的特性。虽然细胞通量有了很大的提高，但这些方法通常存在低灵敏度和定量的问题，且仅限于短...
