文件句柄的概念 在Perl中，文件句柄就是一个程序与外界文件间的I/O联系的名称，又可以理解为一种通道。即一个文件句柄建立了程序本身与外界某一文件之间的一个专用联系通道，这种...
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Perl学习笔记4——I/O、文件测试、目录操作
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第6篇：重复样本的处理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。理论上重复样本...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
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参考基因组及注释文件下载从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 NCBIEnsemblUCSCGRCh36release_52hg18...
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生信小白——初学 bowtie2
本文就以生信小白的角度，简述bowtie2的下载、安装及使用。关于bowtie2的使用教程非常丰富，具体的概念本文不再赘述，只对操作过程进行简(xi)简(zhi)单(ru)单...
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宏转录组分析：SortMeRNA鉴定过滤rRNA导读 转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的，所以需要去除总RNA中的rRNA，获得较纯的mRNA。真核生...
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Trimmomatic使用说明
Trimmomatic是一个广受欢迎的Tllumina平台数据过滤工具，支持多线程软件有两种模式 SE 和 PE 用法 单末端测序模式 在SE模式下，只有一个输入文件和一个过...
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ChIP-seq数据比对注意事项刘小泽写于2020.5.6首先是ChIP-seq分析的前言介绍部分：1：了解ChIP-seq的实验流程2：继续了解ChIP-seq3：关于ChIP-seq的实验对照与偏差来源...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
