生信小小白
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@Biofantasy 应该是read1和read2标反了，因为根据bam文件的flag值可以看出来，163 应该是 read paired， read mapped in proper pair，second in pair的结果，所以应该是read2 实际是read1，read1实际是read2
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Perl学习笔记4——I/O、文件测试、目录操作
文件句柄的概念 在Perl中，文件句柄就是一个程序与外界文件间的I/O联系的名称，又可以理解为一种通道。即一个文件句柄建立了程序本身与外界某一文件之间的一个专用联系通道，这种...
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第6篇：重复样本的处理——IDR前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复（十分珍贵或者稀有样本除外，但必须做至少2次技术重复）。理论上重复样本...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
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参考基因组及注释文件下载从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 NCBIEnsemblUCSCGRCh36release_52hg18...
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生信小白——初学 bowtie2
本文就以生信小白的角度，简述bowtie2的下载、安装及使用。关于bowtie2的使用教程非常丰富，具体的概念本文不再赘述，只对操作过程进行简(xi)简(zhi)单(ru)单...
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宏转录组分析：SortMeRNA鉴定过滤rRNA导读 转录组测序一般期望得到的是mRNA的信息，但是总RNA当中绝大部分都是rRNA。rRNA的信息一般是无用的，所以需要去除总RNA中的rRNA，获得较纯的mRNA。真核生...
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Trimmomatic使用说明
Trimmomatic是一个广受欢迎的Tllumina平台数据过滤工具，支持多线程软件有两种模式 SE 和 PE 用法 单末端测序模式 在SE模式下，只有一个输入文件和一个过...
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ChIP-seq数据比对注意事项刘小泽写于2020.5.6首先是ChIP-seq分析的前言介绍部分：1：了解ChIP-seq的实验流程2：继续了解ChIP-seq3：关于ChIP-seq的实验对照与偏差来源...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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推荐几款好用的云笔记软件一直钟爱印象笔记，程序员的电脑上必装的软件，但最近期限到了，再也不能像以前无限制的上传文件，续费也比去年的只要九块九一年高出了很多倍，因此，注册试用了其他的笔记，发现云笔记众...
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大话cfDNA--起源篇本篇文章主要介绍游离DNA的发现历史。 真核生物，DNA作为遗传物质主要存在于细胞核里面。血浆中竟然存在未被细胞包裹的DNA片段，最早是怎么发现的呢？ 游离DNA的发现 令人...
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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【不定期更新】Bedtools大全--42个子命令介绍参考链接： 用法大全: 官方说明：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.htmlBedtool...
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UpSetR：集合可视化神包对于集合的可视化，第一时间想到的都是韦恩图（venn diagram），一般集合不超过5个的时候，可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加，比如说五个的时候，你就很难从图中解...
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Intervene: BED文件的intersect和绘制韦恩图一、背景介绍 通常，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和统计：Bedtolols inter...
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bioconductor入门——第三弹
上一期讲到了GRanges的特点，这一期我们讲讲其具体用法。 首先我们需要引入一个新的函数DataFrame，它与data.frame类似，但是它的列变量可以是任何类型，比如...
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motif分析——从实战到原理（Homer篇）一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的...
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ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）在实战之前，首先对CHIP-seq分析做一些了解，以下是从各个地方copy过来综合起来的，有些散乱，是我认为重要以及应该了解的知识点。chip-seq 实战就跟在转录组和外显...
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R语言循环多个文件画图生成一个or批量生成多个pdf文件
这是我第一次写简书上面的文章，为什么这一次提笔想记录一下整个下午自己遇见问题，解决问题的过程，以前都是自己解决完问题记录在有道云笔记上就OK了，今天感觉像这样的过程在以往的科...
